Κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας το Κομπότι αποτελεί ένα πολύ σημαντικό οικονομικό κέντρο για την περιοχή με πληθυσμό που ξεπερνάει τους 3.000 κατοίκους, με παζάρι και πλούσια γενικά εμπορική δραστηριότητα.
Φυσικά ακολούθησε κι αυτό τη μοίρα όλων των τουρκοκρατούμενων περιοχών με τη γνωστή θηριωδία του κατακτητή και τα δεινοπαθήματα, τα οποία εδώ είναι ακόμα μεγαλύτερα καθώς εμφανίζεται νέος εχθρός, οι Ενετοί, ο δε εμποροοικονομικός ανταγωνισμός τους προκάλεσε τους Τουρκο-Ενετικούς πολέμους του 16ου και 17ου αιώνα, που είχαν σα συνέπεια το Κομπότι, λόγω της στρατηγικής του θέσης, να αποτελεί ‘‘μήλον της έριδος’’ μεταξύ των ανταγωνιστών και να περιέρχεται πότε στον ένα και πότε στον άλλο.
Κατά το 1796 που ολοκληρώνεται η κατάληψη της Ηπείρου από τον Αλή Πασά των Ιωαννίνων, περνάει και το Κομπότι (1803) στην τυραννία του θηριώδη τοπάρχη, όπου και παραμένει επί είκοσι χρόνια. Αποκορύφωση της όλης συμπεριφοράς του Αλή απέναντι στους Κομποταίους είναι η δολοφονία του άρχοντα σοφού δασκάλου Ευσταθίου Γεροστάθη, γιατί πρωτοστάτησε στην αντίδραση των Κομποταίων να μη δοθεί το χωριό ‘‘τσιφλίκι’’ στο γιο του Μουχτάρ.
Προεπαναστατικά το Κομπότι είναι ακόμη περιοδική έδρα Επισκόπου, καθώς και ‘‘Καπετανάτο’’ των Κλεφτών. Στις επαναστατικές προετοιμασίες της περιοχής οι Κομποταίοι πρωτοστάτησαν με το ντόπιο οπλαρχηγό τους Αναστάση Χαβέλα.