Η Φιλική Εταιρεία με σαφήνεια διατύπωνε τον τελικό της στόχο: «Την απελευθέρωση της πατρίδας – Ελλάδας από τον Τουρκικό ζυγό». Οι ιδρυτές και πρώτα μέλη της ήταν απλοί άνθρωποι που υπέστησαν στο εξωτερικό μια βαθιά ψυχολογική και κοινωνική μεταβολή. Προχώρησαν με μόνο οδηγό την επιθυμία τους να ενώσουν τους Έλληνες σ’ ένα δύσκολο αγώνα για την απελευθέρωσή τους από τον ξένο ζυγό. Οι αλλοεθνείς αποκλείονταν από τις τάξεις της.
Αν και άλλοι Έλληνες πλουσιότεροι, ισχυρότεροι και πιο μορφωμένοι πρόβαλλαν επιφυλάξεις, αυτοί δεν επηρεάστηκαν στον ενθουσιασμό και την αισιοδοξία τους. Ορισμένοι Έλληνες πίστευαν ότι οι συμπατριώτες τους για να μπορέσουν να ελευθερωθούν και να αυτοδιοικηθούν, έπρεπε να αποκτήσουν ευρύτερη παιδεία. Άλλοι πάλι πίστευαν ότι ήταν προτιμότερο να επιδιωχθεί η καλυτέρευση των όρων της ζωής των Ελλήνων στα πλαίσια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, όπως είχαν κάνει για πολλά χρόνια οι Φαναριώτες. Άλλωστε, το 1814 μετά την ήττα του Ναπολέοντα οι δυνάμεις της συντήρησης και της αντίδρασης, που είχαν επιβάλει το καθεστώς τους, θα μπορούσαν να συντρίψουν κάθε επαναστατική κίνηση.
Παρά τις αντιξοότητες αυτές, ο Νικόλαος Σκουφάς, ο Αθανάσιος Τσακάλωφ και ο Εμμανουήλ Ξάνθος ίδρυσαν το 1814 στην Οδησσό τη Φιλική Εταιρεία. Αγροτικής καταγωγής ήταν και οι τρεις πρωτεργάτες της Εταιρείας.
Ο Ξάνθος γεννήθηκε στην Πάτμο το 1772 και δεν έγινε ένας επιτυχημένος έμπορος, όπως επιδίωξε με την αποδημία του. Ήταν μέλος μιας στοάς στα Ιόνια νησιά. Όπως πολλά άλλα μέλη της Εταιρείας, τα γράμματα που έμαθε ήταν τόσα όσα του χρειαζόταν για να εργαστεί ως εμπορικός υπάλληλος. Συνεταιρίστηκε με άλλους για εμπορία λαδιού αλλά απέτυχε.
Ο Τσακάλωφ γεννήθηκε στα Ιωάννινα το 1788. Λέγεται ότι σπούδασε στη Μαρουτσαία Ακαδημία του Ψαλίδα. Έγινε μέλος του Ελληνόγλωσσου Ξενοδοχείου και ήταν ο μόνος που συνέδεε άμεσα τη μυστική αυτή οργάνωση με τη Φιλική Εταιρεία.
Ο Σκουφάς γεννήθηκε το 1779 στο Κομπότι της Άρτας, και ήταν μέλος του Φοίνικα. Εργάστηκε κατά καιρούς ως αποθηκάριος, πιλοποιός και υπάλληλος. Ήταν ο πιο ενθουσιώδης, ταπεινός και αφοσιωμένος στους σκοπούς της Εταιρείας από τους τρεις τους. Είναι αυτονόητο ότι για τη διοργάνωση της Εταιρείας άντλησαν διδάγματα από την εμπειρία που είχαν ως μασόνοι, χωρίς να ακολουθήσουν δουλικά τα βήματα των οργανώσεών τους.

Η ίδρυσης της Φιλικής Εταιρείας στην Οδησσό αναφέρεται το έτος 1814 ενώ υπάρχουν ενδείξεις ότι οι προσωπικές επαφές των ιδρυτών έχουν αρχίσει από το τέλος του προηγούμενου έτους 1813. Φαίνεται όμως ότι το καλοκαίρι του 1814, ίσως και λίγο αργότερα, πήραν οριστική μορφή οι σκέψεις και τα προσωπικά τους οράματα. Τα βιογραφικά των τριών ιδρυτών έχουν ξεχωριστό ενδιαφέρον, όχι βέβαια γιατί φανερώνουν μεγάλες προσωπικές σταδιοδρομίες αλλά ακριβώς για το αντίθετο, γιατί δείχνουν ότι η ιδέα της εθνικής απελευθέρωσης είχε γίνει οικεία σε κοινωνικά στρώματα μεσαίας οικονομικής εμβέλειας και κοινωνικού κύρους, τα οποία αποδείχθηκε μάλιστα ότι ήταν τα καταλληλότερα να ξεκινήσουν και να οργανώσουν μια εθνική επανάσταση.
Πράγματι, το γεγονός ότι οι πρώτοι Φιλικοί δεν σχετίζονταν με τον ισχυρότερο τότε κρατικό – διοικητικό μηχανισμό της Αυτοκρατορίας, δεν ήσαν δηλαδή στελέχη των εκκλησιαστικών ή των κοινοτικών θεσμών των ορθοδόξων, ο δε προσωπικός τους πλούτος, κυρίως για όσους ζούσαν στη διασπορά, δεν ήταν τόσος ώστε να τους δημιουργεί αξεπέραστες αναστολές, αποδείχθηκε ότι λειτούργησαν ως πλεονεκτήματα για την επαναστατική τους ενεργητικότητα. Τα κίνητρα λοιπόν τα οποία ωθούσαν μέλη των διαφόρων κοινωνικών ομάδων να εγγράφωνται στην Εταιρεία διέφεραν, όπως διέφερε και ο ενθουσιασμός και η προσήλωση τους στους σκοπούς της.
Το μόνο σαφές στοιχείο που έχουμε για τους Φιλικούς είναι τα ονόματά τους και η ιδιότητα τους. Από τα 1093 μέλη πού γνωρίζουμε, τα 229 ή το 21%, μύησαν στην Εταιρεία άλλα μέλη και διέδιδαν τους σκοπούς της. Ως το 1817, τρίτο έτος της Φιλικής Εταιρείας, 42 άτομα είχαν προσχωρήσει στην Οργάνωση, από τα οποία 28 έγιναν δραστήριοι μυητές. Όσο όμως αυξανόταν ο αριθμός των μελών, το ποσοστό εκείνων που συνέχιζαν τη δραστηριότητά τους μειωνόταν. Κατά το 1818, 210 άτομα μυήθηκαν, από τα όποια όμως 71, ή το 34%, ανέλαβαν το έργο της μυήσεως και άλλων μελών. Τον επόμενο χρόνο, ο αριθμός των μελών περίπου διπλασιάσθηκε (416 έγιναν τα μέλη το 1819).
Τα μέλη που συνέχιζαν να δρουν ήταν σε αριθμό τα ίδια με εκείνα των προηγούμενων χρονών: μονό 74, ή το 18%, εξακολουθούσαν να προβαίνουν σε μυήσεις. Σε γενικές γραμμές τα δραστήρια μέλη αντανακλούσαν την επαγγελματική κατανομή του συνόλου των μελών, με τη διαφορά πως οι έμποροι, οι επαγγελματίες και οι στρατιωτικοί υπερείχαν κάπως ως προς τη δραστηριότητα από τις άλλες κατηγορίες. Η ίδρυση της Φιλικής Εταιρείας αποτελεί τη σπουδαιότερη πολιτική ενέργεια του υπόδουλου Ελληνισμού, όπως και η οργάνωση της Ελληνικής Επανάστασης το κορύφωμα μιας μακράς σειράς πράξεων ανυπακοής και ανταρσίας προς την Οθωμανική κυριαρχία.
Η θετική αποτίμηση του έργου της Φιλικής Εταιρείας δεν οφείλεται μόνο στο γεγονός ότι δι’ αυτής οργανώθηκε επιτυχώς η αντιοθωμανική εθνική επανάσταση των Ελλήνων αλλά κυρίως γιατί, μέσα σε ένα πνεύμα νεωτερικότητας, τέθηκε το ζήτημα της εθνικής αποκατάστασης με νέους όρους. Θεωρήθηκε δηλαδή η εθνική αποκατάσταση των Ελλήνων ζήτημα Ελληνικού ενδιαφέροντος και Ελληνικής ευθύνης και όχι, όπως συνέβαινε παλαιότερα, ένα ζήτημα που θα λυνόταν στο πλαίσιο μιας απελευθερωτικής – επεκτατικής δραστηριότητας κάποιας μεγάλης Ευρωπαϊκής δύναμης.
Στα μέσα Σεπτεμβρίου 1814 στην Οδησσό, τρεις Έλληνες έμποροι, δυο Ηπειρώτες και ένας Πάτμιος, αποφάσισαν να προετοιμάσουν το έδαφος για την «εν καιρώ» εκδήλωση επανάστασης των Ελληνικών πληθυσμών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. H απόφαση αυτή οδήγησε πολύ σύντομα στην ίδρυση της Εταιρείας των Φιλικών ή Φιλικής Εταιρείας. H τελευταία εντάσσεται σε μια ευρύτερη διαδικασία εθνογένεσης και επαναστατικών ζυμώσεων που λαμβάνουν χώρα από τα τέλη του 18ου αιώνα ιδίως μεταξύ των λογίων και των εμπόρων στις Ελληνικές παροικίες. Ιδρυτές της ήταν ο Νικόλαος Σκουφάς, ο Αθανάσιος Τσακάλωφ και ο Εμμανουήλ Ξάνθος, οι οποίοι στο παρελθόν είχαν μετάσχει σε άλλες μυστικές επαναστατικές εταιρείες καθώς και σε τεκτονικές στοές. H εμπειρία τους αυτή στάθηκε χρήσιμη όσον αφορά την οργάνωση και το συνωμοτικό τρόπο δράσης της Εταιρείας. Έως το 1818, χρονιά κατά την οποία οι τρεις ιδρυτές εγκαθίστανται στην Κωνσταντινούπολη, η Φιλική Εταιρεία υπήρξε ένας ολιγάριθμος οργανισμός με περίπλοκες διαδικασίες μύησης, συνωμοτικούς κανόνες και πλειάδα μυστικών συμβόλων. Θεωρείται ότι έως την εποχή εκείνη ο αριθμός των μελών που μυήθηκαν δεν ξεπερνούσε τους τριάντα, ενώ ως μέλη επιλέγονταν κατά κύριο λόγο επιφανείς Έλληνες από τη Ρωσία και τις παραδουνάβιες ηγεμονίες.
Kατά την περίοδο αυτή (1814 – 1818) στον ηγετικό πυρήνα της Εταιρείας, την Αρχή όπως την ονόμαζαν, συμπεριλήφθηκε μεταξύ άλλων και ο Άνθιμος Γαζής, ιερωμένος και λόγιος με αναγνωρισμένο κύρος. H μετεγκατάσταση της οργάνωσης στην Κωνσταντινούπολη συνέπεσε με το θάνατο του N. Σκουφά και τη διεύρυνση της ηγετικής ομάδας, στην οποία συμπεριλήφθηκαν μεταξύ άλλων ο μητροπολίτης Ιγνάτιος Ουγγροβλαχίας, ο Φαναριώτης Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος (Παπαφλέσσας). Aκόμη περισσότερο, την περίοδο αυτή (1818 – 1820) η Εταιρεία προχωρεί σε οργανωτικές αλλαγές, σε διεύρυνση του κύκλου των μελών της και σε συγκεκριμενοποίηση ενός σχεδίου για την εκδήλωση της επανάστασης.
Σε ό,τι αφορά τις οργανωτικές αλλαγές υιοθετείται το λεγόμενο σύστημα των δώδεκα αποστόλων. Σύμφωνα με αυτό, δώδεκα ευυπόληπτα μέλη της Εταιρείας στάλθηκαν σε ισάριθμες περιοχές, όπου διαβιούσαν Ελληνικοί πληθυσμοί. Στόχος τους ήταν να προσεγγίσουν κοινωνικοπολιτικά και οικονομικά ισχυρούς τοπικούς παράγοντες. Την εποχή αυτή γίνονται μέλη της Εταιρείας οι σημαντικότεροι προύχοντες και ιεράρχες της Πελοποννήσου, καθώς και αρκετοί Ρουμελιώτες κλεφταρματολοί. Παράλληλα, οι τέσσερις βαθμίδες μελών που λειτουργούσαν κάτω από την Αρχή μετατρέπονται σε έξι, ενώ απλοποιείται κατά πολύ το τελετουργικό της μύησης.
Ταυτόχρονα, προσεγγίστηκε ο Ιωάννης Καποδίστριας με σκοπό να αναλάβει την αρχηγία. Μετά την άρνησή του οι Φιλικοί πλησίασαν τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, ο οποίος δέχτηκε τον Απρίλιο του 1820.
Η όλη διάρθρωση της Φιλικής Εταιρείας στηρίχθηκε στα οργανωτικά πρότυπα των Καρμπονάρων και των Ελευθεροτεκτόνων. Η ηγετική της ομάδα απεκαλείτο «η Αόρατος Αρχή» και περιβλήθηκε από την πρώτη στιγμή με τέτοια μυστική αίγλη, ώστε να πιστεύεται ότι συμμετείχαν σε αυτήν πολλές σημαντικές προσωπικότητες, όχι μόνον Έλληνες μα και ξένοι, όπως ο τσάρος Αλέξανδρος Α’ της Ρωσίας. Στην πραγματικότητα, τον πρώτο καιρό ήταν μόνο οι τρεις ιδρυτές της. Κατόπιν, από το 1815 έως το 1818, προστέθηκαν άλλοι πέντε και μετά το θάνατο του Σκουφά προστέθηκαν άλλοι τρεις. Το 1818 η Αόρατη Αρχή μετονομάστηκε σε «Αρχή των Δώδεκα Αποστόλων» και κάθε Απόστολος επωμίστηκε την ευθύνη μιας μεγάλης περιφέρειας.
Η διδασκαλία της Εταιρείας, που σώθηκε σε πολλά αντίγραφα, αποτελείται από πέντε μέρη. Στο πρώτο μέρος περιλαμβάνεται η διδασκαλία της μυήσεως στο μυστικό της Εταιρείας. Στο μέρος αυτό υπάγεται ο «πρώτος όρκος», η «εξομολόγησις» και η αποκάλυψη του σκοπού. Στο δεύτερο μέρος περιλαμβάνεται η διαδικασία του Μεγάλου Όρκου, η οποία αποτελεί το πιο εντυπωσιακό μέρος της Διδασκαλίας όπως την καταγράφει ο Ιωάννης Φιλήμων. Στο τρίτο μέρος περιλαμβάνεται η ερμηνεία και οι οδηγίες περί συντάξεως του αφιερωτικού γράμματος, με τα σημεία αφιερώσεως και καθιερώσεως.
Μετά την κατήχησή του ο νεοκατηχούμενος, εφόσον είχε τις προϋποθέσεις να προχωρήσει στην επόμενη βαθμίδα (κυρίως όσον αφορά τη γνώση ανάγνωσης και γραφής), έδινε τον μεγάλο όρκο και καθιερωνόταν ως «ιερέας». Στη συνέχεια όφειλε να αποστείλει μια επιστολή προς ένα οποιοδήποτε άτομο σε άλλη πόλη. Το τελετουργικό της μύησης (το οποίο επίσης περιγράφει αναλυτικά ο Φιλήμων) απλουστεύθηκε με την πάροδο των χρόνων, ιδιαιτέρως από το 1820 και μετά, οπότε γίνονταν αθρόες μυήσεις στην Εταιρεία. Στην ιεραρχία της Εταιρείας καθιερώθηκαν αρχικώς τέσσερις βαθμοί, ενώ αργότερα οι βαθμοί έγιναν επτά:
Αδελφοποιητοί ή Βλάμηδες
Συστημένοι
Ιερείς
Ποιμένες
Αρχιποιμένες
Αφιερωμένοι
Αρχηγοί Αφιερωμένων.
Οι δύο πρώτοι βαθμοί στην Εταιρεία ήταν οι κατώτεροι και αφορούσαν τα μέλη, ενώ από τον τρίτο βαθμό και μετά ήταν τα στελέχη. Στον πρώτο βαθμό κατατάσσονταν τα αγράμματα μέλη. Οι κατηχούντες ρωτούσαν πριν απ’ όλα τους κατηχουμένους αν μπορούσαν να αντέξουν το μυστικό με κίνδυνο της ζωής τους, «καθόσον αυτά που επρόκειτο να μάθη αφορούν την τύχην του ίδιου του έθνους». Για τη φύλαξη του μυστικού της Εταιρείας οι φιλικοί -κυρίως από το βαθμό των ιερέων και πάνω- χρησιμοποιούσαν ειδικό κρυπτογραφικό αλφάβητο, το οποίο αποτελούνταν από 22 στοιχεία. Επίσης, στην αλληλογραφία τους χρησιμοποιούσαν κωδικοποιημένο μετωνυμικό λεξικό. Έτσι, ο εχθρός αναφερόταν ως «αγκάθι», τα μέλη της εταιρείας ως «σύννεφα», οι Άγγλοι ως «σιδηροί», οι Φαναριώτες ως «οινοπόται» κ.λπ. Αντίστοιχα, στη θέση διαφόρων τοπωνυμίων χρησιμοποιούσαν κρυπτογραφικούς αριθμούς.

Η όλη δομή ήταν πυραμιδοειδής και στην κορυφή δέσποζε η «Αόρατος Αρχή». Κανείς δε γνώριζε ούτε είχε δικαίωμα να ρωτήσει ποιοι την αποτελούσαν. Οι εντολές της εκτελούνταν ασυζητητί, ενώ τα μέλη δεν είχαν δικαίωμα να λαμβάνουν αποφάσεις. Στους χρόνους που ακολούθησαν διαμόρφωσαν οι Φιλικοί κανόνες οργανωτικής δράσης σύμφωνα με τους οποίους προβλέπονταν:
Διαδικασία μύησης νέων μελών, αφού θα εξακριβωνόταν η αφοσίωσή τους στον ιερό σκοπό της Φιλικής.
Βαθμοί ιεραρχίας, όπου τα μέλη θα προωθούνταν ανάλογα με τη δραστηριότητα και τις ικανότητές τους.
Ειδικός Όρκος και τελετουργικό ορκωμοσίας.
Ειδικός κρυπτογραφικός κώδικας για την αλληλογραφία και την αμοιβαία αναγνώριση των μελών μεταξύ τους.
Πρωταρχική τους ενέργεια ήταν να καθιερώσουν κρυπτογραφικό κώδικα για την αλ ληλογραφία και αμοιβαία αναγνώριση των μελών της, και όρι-σαν τα αρχικά γράμματα που θα χρησιμοποιούσε ο καθένας. Σύμφωνα με τον κώδικα αυτό: –
Χρησιμοποιούσαν τα γνωστά γράμματα του αλφαβήτου αλλά με φωνητική αξία διαφορετική (λογουχάρη αντί για τα α, β, γ, ….οι Φιλικοί έγραφαν αντίστοιχα : η, ζ, ψ ).
– Για τα κύρια ονόματα στελεχών της Εταιρίας είχαν γράμματα συνθηματικά (Για τον Αθαν. Τσακάλωφ Α.Β., για το Νικ. Σκουφά Α.Γ., για τον Εμμ. Ξάνθο Α.Ζ., για το Γρηγόριο Δικαίο Α.Μ.).
– Για μερικά ονόματα ιδιαίτερης αξίας για την Εταιρία χρησιμοποιούσαν οι Φιλικοί ιδιαίτερη προσωνυμία ενδεικτική και της υπόληψης που ένιωθαν γι’ αυτά. (Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης επονομαζόταν Καλός ή Ανδρέας Ραδάμανθυς, ο Καποδίστριας Ευεργετικός, ο Παπαφλέσσας Αρμόδιος).
– Για μερικές κοινωνικές ομάδες με ιδιαίτερη σημασία για τους Φιλικούς χρησιμοποιήθηκαν επωνυμίες δηλωτικές ίσως και των αισθημάτων τους (έτσι: οι Πρόκριτοι του Μοριά φέρονται ως Εκδικητικοί, ο Φαναριώτες Οινοπόται, οι Αρχιερείς της Συνόδου δυστυχείς).
– Για κάποιες έννοιες ειδικής σημασίας για μια Εταιρία μυστική βρίσκουμε λέξεις συνθηματικές ή συμβολικές. Έτσι:
Το Αγκάθι = σήμαινε γι’ αυτούς εχθρός
Το άνθος = φίλος
Τα δένδρα = τουφέκια
Ο ελέφας = το μεγάλο καράβι
Η καμήλα = εμπορικό πλοίο
Το κοπάδι = στόλος
Ο Κύκλωψ = κατάσκοπος
Ο τραγουδιστής = κανόνι
Τα σύννεφα = μέλη της Εταιρίας.
Τέλος, για τις προσωπικές συναντήσεις τους επινόησαν διάφορα συνθηματικά αναγνώρισης όχι μόνο του προσώπου αλλά -κυρίως- της σχέσης του με την Εταιρία και του βαθμού ενημέρωσής του. Λόγου χάρη, αν κάποιος μετέφερε μήνυμα (προφορικό συνήθως) σε άλλον: πρώτα του έκανε νεύμα με το χέρι (φέρνοντας το δάχτυλο στο κάτω χείλος) ότι θέλει να του μιλήσει. Αν εκείνος ήταν ενημερωμένος ως μέλος της Εταιρίας μυημένο – ορκισμένο, ανταποκρινόταν με άλλη συμβολική κίνηση: κινούσε το χέρι του προς το πτερύγιο του αυτιού του, για να δηλώσει έτσι ότι είναι πρόθυμος να ακούσει. Έπειτα για επιβεβαίωση έλεγαν και μερικά συνθηματικά γράμματα ο κομιστής του μηνύματος και ο αναζητούμενος αποδέκτης:
Ο πρώτος έλεγε: λ
Ο δεύτερος πρόσθετε: α
Ο α’ ν
Ο β’ τα
Ο α’ ο
Ο β’ ν
(Η λέξη που προκύπτει -λαντον- δε γνωρίζουμε αν είχε κάποιο ειδικό νόημα ή ήταν τυχαίο άθροισμα των έξι γραμμάτων).
Δεν υπήρξαν μανιφέστα, συντάγματα ή διακηρύξεις. Θα περνούσε τουλάχιστον ένας χρόνος πριν αποκτήσει η Εταιρεία κάποια οργανωτική δομή και πριν συνταχθούν οι όρκοι μύησης των μελών της. Συντονισμένες προσπάθειες μυήσεως μελών δεν έγιναν πριν από το 1818. Ούτε ως το 1821 α-νακοίνωσε η Φιλική Εταιρεία ποιο ήταν το πρόγραμμά της. Πέρα από το στόχο της δεν μαρτυρείται ότι αποφασί στηκε οτιδήποτε άλλο, π.χ. ποιο θα ήταν το καθεστώς της ανεξάρτητης Ελλάδας. Μετά την ίδρυση της Εταιρείας, οι Σκουφάς και Τσακάλωφ έφυγαν για τη Μόσχα και ο Ξάνθος για την Κωνσταντινούπολη. Ο Σκουφάς υποχρεώθηκε να φύγει, γιατί τον κάλεσε στη Μόσχα Ελληνική εμπορική τράπεζα για να επιληφθεί χρεοκοπημένες υποθέσεις του.
Κατά τον Ιωάννη Φιλήμονα, τον πρώτο ιστορικό της Φιλικής Εταιρείας, ο Σκουφάς ήταν άνθρωπος απλός αλλά με πολλή ευαισθησία και πατριωτισμό. Επιχείρησε την υποστήριξη των επιφανών Ελλήνων εμπόρων της Μόσχας, αλλά αυτοί τον αντιμετώπισαν σαν άξεστο χωρικό διώχνοντάς τον, δεδομένης της πρόσφατης οικονομικής του αποτυχίας. Γεγονός είναι ότι οι πλούσιοι και οι ισχυροί της Ελληνικής διασποράς κράτησαν σε απόσταση τόσο το Σκουφά, όσο και την ίδια την Εταιρεία γενικότερα. Παρόλη την απλοϊκότητά του, ο Σκουφάς σύντομα κατάλαβε, όπως και οι άλλοι Φιλικοί αργότερα, ότι δεν αρκούσε η ανοιχτή δήλωση του στόχου για να προσελκύσουν όλους τους Έλληνες.
Έτσι, αργότερα μέσα από την Εταιρεία υποστηρίχθηκε ότι ο Ιωάννης Καποδίστριας και ο Τσάρος Αλέξανδρος Α’, του οποίου υφυπουργός εξωτερικών ήταν ο πρώτος, υπήρξαν μέλη της μυστικής Ανώτατης Αρχής, που υποτίθεται ότι διηύθυνε την Εταιρεία. Γνωρίζουμε ότι τρεις Έλληνες που μυήθηκαν στη Μόσχα την περίοδο αυτή παραπλανήθηκαν σχετικά με τον αριθμό των μελών, την έκταση και το χαρακτήρα της Εταιρείας. Για το Σκουφά, τα βασικά εμπόδια για την εθνική απελευθέρωση ήταν οικονομικής και οργανωτικής φύσεως. Η εθνική του συνείδηση δεν έβλεπε όρια, ούτε κατηγορίες και εξαιρέσεις, στα πλαίσια του Ελληνισμού.
Εμπρός στην πατρίδα, όλοι οι Έλληνες, ανεξάρτητα από την τάξη στην οποία ανήκαν, την όποια τους υπόσταση ή καταγωγή, ήταν απλώς Έλληνες. Είχε λοιπόν σημασία το αν οι Φιλικοί παρουσίαζαν μεγαλύτερο από την πραγματικότητα τον αριθμό των μελών της οργάνωσής τους ή αν ο Καποδίστριας δεν ήταν πραγματικά μέλος της Αρχής; Η Εταιρεία βρήκε σταθερούς και αφοσιωμένους υποστηρικτές μεταξύ των μικρο εμπόρων, υπαλλήλων, τεχνιτών, πραματευτάδων και των μισθοφόρων στρατιωτικών και όχι των «προοδευτικών» αστών, λογίων και φιλελεύθερων αριστοκρατών. Για τους νεοφερμένους που ανταποκρίνονταν με ενθουσιασμό στους Φιλικούς, δόθηκε η υπόσχεση ότι η πατρίδα θα τους αναγνώριζε ως άξια τέκνα της.
Από τους 1027, οι 425 μυήθηκαν στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες και στη νοτιοδυτική Ρωσία. Οι περισσότεροι δήλωσαν έμποροι, ακολουθούσαν οι ελεύθεροι επαγγελματίες, οι δάσκαλοι, οι γραμματείς, οι ιατροί, οι φοιτητές. Μόνο 7 από τους 425 δήλωσαν ότι γεννήθηκαν στη Ρωσία ή στις Ηγεμονίες. Από αυτούς που μυήθηκαν στη Μολδαβία, το 26% καταγό ταν από την Πελοπόννησο, το 14% από τα νησιά του Αιγαίου και το 10% από την Ήπειρο. Μέλη από τις πολυάριθμες εμπορικές κοινότητες του Λονδίνου, Παρισιού, Μασσαλίας και Άμστερνταμ δεν υπήρχαν. Μόνο 1 μέλος μυήθηκε στη Βιέννη και 14 στην Ιταλία.
Αντιπροσωπευτικά μέλη της Εταιρείας ήταν ο Λ. Λεοντίδης, ένας μικροέμπορος από την Κωνσταντινούπολη που είχε υπηρετήσει στο στρατό του Ναπολέοντα και ο Ιθακήσιος Ε. Γλυκούδης που αναφέρεται ως «πλοίαρχος». Το μεγαλύτερο εμπόδιο που αντιμετώπιζε η Εταιρεία ήταν οι ακατάλυτοι δεσμοί που ένωναν τα μέλη της με τον κόσμο από τον οποίο προέρχονταν. Δεν υπάρχουν άμεσες αποδείξεις ότι αυτό είχε συνειδητοποιηθεί. Οι παράδοξες και πολύπλοκες τελετές της Εταιρείας αντικατοπτρίζουν κάποια συνειδητοποίηση της αντίθεσης αυτής.
Η δραστηριότητα μύησης των νέων μελών απλωνόταν συστηματικά και ασταμάτητα. Μέσα στα επόμενα 4 – 5 χρόνια το μυστικό μεταδόθηκε σε χιλιάδες, σε όλο το γεωγραφικό χώρο το μητροπολιτικό και τον παροικιακό. Το τελετουργικό της ορκωμοσίας έφερνε συγκινήσεις και ενίσχυε την αυτοπεποίθηση πως οι ραγιάδες μπορούν με τις δυνάμεις τους επιτύχουν το μεγάλο ξεσηκωμό της Λευτεριάς.

Οι Ιερείς ήταν επιφορτισμένοι με το έργο της μύησης στους δύο πρώτους βαθμούς. Όταν ο Ιερέας πλησίαζε κάποιον, σιγουρευόταν για τη φιλοπατρία του και τον κατηχούσε πλάγια στους σκοπούς της εταιρείας, οπότε το τελευταίο στάδιο ήταν να ορκιστεί. Τότε τον πήγαινε σε κάποιον κληρικό -κάτι καθόλου εύκολο αν ο ιερέας δεν ήταν ήδη μυημένος. Πήγαινε και έβρισκε τον ιερέα και του έλεγε ότι ήθελε να ορκίσει κάποιον για προσωπική τους υπόθεση, προκειμένου να διαπιστώσει ότι λέει την αλήθεια. Ο κληρικός φορούσε το πετραχήλι και έπαιρνε το Ευαγγέλιο, οπότε ο κατηχητής έπαιρνε παράμερα τον υποψήφιο και του υπαγόρευε ψιθυριστά τον «μικρό όρκο», τον οποίο έπρεπε να τον επαναλαμβάνει ο κατηχούμενος χαμηλόφωνα τρεις φορές.
Μεγάλο μέρος του τελετουργικού της Εταιρείας πήγαζε από τοπικές παραδοσιακές τελετές, ιεροτελεστίες μύησης που απέρρεαν από αρχαίες μαγικές δοξασίες και τελούνταν για να «προσηλυτιστεί» και κατ’ επέκταση να αποκτήσει ο μυούμενος μια νέα κοινωνική και πολιτική ταυτότητα. Η ονομασία του πρώτου βαθμού, Αδελφοποιητός, προέρχεται από τον όρο «αδελφοποίηση», παραδοσιακή συνήθεια των Βαλκανίων, ιδιαίτερα των περιοχών που κυριαρχούσε ο θεσμός της πατριαρχικής οικογένειας. Έτσι επεκτείνονταν ο οικογενειακός δεσμός. Οι Αδελφοποιητοί θα έπρεπε να παραμείνουν ισόβια αδερφοί και να εκπληρώνουν τις υποχρεώσεις που συνεπαγόταν ο στενός αυτός δεσμός.
Τα παιδιά τους δεν έπρεπε να παντρευτούν μεταξύ τους και χρησιμοποιούσαν ειδική ορολογία π.χ. αποκαλούσαν τη μητέρα και τον πατέρα του αδερφού σταυρομάνα και σταυροπατέρα. Ο πρώτος βαθμός (Αδελφοποιητοί ή Βλάμηδες) προοριζόταν για τους απλοϊκούς και αγράμματους, Έλληνες των αγροτικών περιοχών. Οδηγίες για το τελετουργικό της μύησης περιέχονταν στο εγχειρίδιο της Εταιρείας, τη «Διδασκαλία». Χειρόγραφες οδηγίες διανέμονταν στους Ιερείς, τα μέλη του τρίτου βαθμού, που τους είχε ανατεθεί η μύηση νέων μελών.
Στις οδηγίες αυτές αναφέρονταν στην αρχή: «αφού γνωρίσεις ένα Γραικόν, ότι είναι βέβαιος και θερμός εραστής της Πατρίδας και καλός άνθρωπος, ότι δεν είναι μέλος εις καμμίαν άλλην εταιρείαν μυστικήν, όποια και αν είναι, ότι επιθυμεί να κατηχηθεί εις την Εταιρείαν μας όχι από απλήν περιέργειαν, αλλ’ από καθα ρόν πατριωτισμόν, τότε του δίδεις την υπόσχεσιν, ότι θέλεις τον δεχθεί εις την Εταιρείαν». Όπως και στο παραδοσιακό τελετουργικό της «αδελφοποίησης», καλούνταν ένας ιερέας για να απαγγείλει στο μυούμενο μέρος του όρκου μύησης. Η διαδικασία μύησης κρατούσε δύο ή τρεις ημέρες, ώστε να δοθεί χρόνος στον υποψήφιο να σκεφτεί καλά τις σοβαρές υποχρεώσεις που αναλάμβανε.
Κατά τη διάρκεια της μύησης ο μυούμενος όφειλε να δώσει δύο όρκους, τον ένα μπροστά σε ορθόδοξο ιερέα και τον άλλο χωρίς την παρουσία αυτού του προσώπου. Με τον πρώτο όρκο βεβαίωνε ότι αυτά που θα έλεγε θα ήταν αληθινά και με το δεύτερο ότι δε θα κοινολογούσε τα μυστικά της Εταιρείας. Στους όρκους μύησης χρησιμοποιούσαν τον όρο Υπέρτατον Ον. Την έκφραση αυτή, που σχετίζονταν με τον τεκτονισμό και τον δυτικό Θεϊσμό καθώς και με τη λατρεία του υπέρτατου όντος κατά τη Γαλλική Επανάσταση, δεν την ενέκριναν οι κληρικοί που γίνονταν μέλη της Εταιρείας. Έτσι πιθανόν παραλειπόταν κατά την τελετή μύησης κληρικών.
Η Εταιρεία φανέρωνε ελάχιστα από τα μυστικά της στα μέλη του πρώτου βαθμού, τα οποία διδάσκονταν τις συν θηματικές χειρονομίες και τα συνθήματα του βαθμού τους και πληροφορούνταν ότι σκοπός της Εταιρείας ήταν «η καλυτέρευση της Πατρίδας». Απαγορευόταν να γνωρίζουν το τελετουργικό και τα μέλη που είχαν ανώτερο βαθμό από τον δικό τους. Αντίθετα, τα μέλη του δευτέρου βαθμού, οι Συστημένοι, ήταν δυνατόν τελικά να ανέλθουν στον τρίτο βαθμό. Όπως όμως και οι αδελφοποιητοί, γνώριζαν ελάχιστα για την οργάνωση της Εταιρείας. Ξεχώριζαν από τους πρώτους στο ότι έπρεπε να είναι εγγράμματοι.
Το τελετουργικό της μύησης των Συστημένων ήταν σχεδόν το ίδιο με εκείνο των αδελφοποιητών, εκτός από ένα σοβαρό σημείο, την «εξομολόγηση». Ο μυούμενος όφειλε να απαντήσει σε δέκα ερωτήσεις σχετικά με το πώς ζει, τι συγγενείς έχει, ποιο επάγγελμα ασκεί και ποια η κατάστασή του, αν συγχύσθηκε ποτέ με κανέναν, αν φιλιώθηκε, αν είναι παντρεμένος ή κλίνει να παντρευτεί, αν είχε έρωτα, αν τον ακολουθεί καμιά μεγάλη ζημιά ή μεταβολή κατάστασης, αν είναι ευχαριστημένος με το επάγγελμά του και τι θέλει περισσότερο, ποιος είναι ο πιστός του φίλος και πως σκοπεύει να ζήσει. Άμεσος σκοπός της εξομολόγησης ήταν να φανεί η προσωπική ζωή του μυούμενου και η προθυμία του να αποκοπεί από τον παραδοσιακό κόσμο.
Εξασφαλιζόταν η αποκλειστική προσήλωση του μυούμενου στην Εταιρεία, π.χ. πριν την εξομολόγηση ο μυούμενος δεχόταν την εντολή, μεταξύ των άλλων, να σκοτώσει παραβάτη της Εταιρείας, ακόμα και αν είναι ο κοντινότερος συγγενής του. Βασικό έργο των Ιερέων, των μελών του τρίτου βαθμού, ήταν η μύηση νέων μελών.
Το τελετουργικό της μύησής τους ήταν περισσότερο πολύπλοκο από εκεί να των δύο άλλων βαθμών και γνώριζαν τους σκοπούς της Εταιρείας και τα περισσότερα μυστικά της. Ο υποψήφιος ιερέας έπαιρνε εντολή από τον μυητή του να τον συναντήσει μια ή δυο ημέρες μετά την πρώτη τους επαφή και να έχει μαζί του ένα μικρό κίτρινο κερί σαν της εκκλησίας.
Κατά τους ορισμούς της «Διδασκαλίας», πήγαιναν υποχρεωτικά οι δυο τους νύχτα σ’ ένα ασφαλές και απομακρυσμένο μέρος. Σύμφωνα με τις οδηγίες, πρώτα έβαζαν πάνω σε τραπέζι μια εικόνα και πάνω της άφηνε ο κατηχούμενος το κεράκι του. Το κεράκι σημαίνει τη θυσία που ο καθένας χρωστάει στην υπέρ της πατρίδας καλή προειδοποίηση. Αυτό το κεράκι είναι ο μόνος μάρτυρας που η δυστυχισμένη πατρίδα μας δίνει για την υπόσχεση της ελευθερίας της, ζητώντας από τα παιδιά της παρηγοριά της σκλαβιάς της.
Στο σημείο αυτό έδιναν στον μυούμενο την ευκαιρία να εγκαταλείψει, αν ήθελε, την τελετή πριν προχωρήσουν στα επόμενα στάδια και του φανερωθούν περισσότερα, και κατόπιν του έλεγαν ότι μόνο ο θάνατος μπορούσε να κόψει τους δεσμούς του με την Εταιρεία. Μετά ο μυούμενος γονάτιζε με το δεξί του γόνατο κοντά στο τραπέζι και έκανε τρεις φορές το σημείο του σταυρού. Έπειτα ασπαζόταν με κατάνυξη την εικόνα και βάζοντας το δεξί του χέρι ανοιχτό πάνω σ’ αυτή, άναβε το κεράκι του, σβήνοντας κάθε άλλο φως. Στο σημείο αυτό ο μυούμενος υποχρεωτικά έδινε τον Μέγαν Όρκον, το σπουδαιότερο σημείο της τελετής.
Παράβαση του όρκου έθετε σε κίνδυνο όλη την ιερή προσπάθεια, γι΄ αυτό μπορούσε να επισύρει την πιο βαριά τιμωρία: το θάνατο. Ο τέταρτος βαθμός, των Ποιμένων παρουσιάζει αρκετές ομοιότητες με τον τρίτο, τόσο στα απαιτούμενα προσόντα όσο και στο τελετουργικό της μύησης. Όπως και οι Αρχιποιμένες, δηλαδή τα μέλη του αμέσως ανωτέρου βαθμού, τον οποίο αναφέρει μόνο ο Φιλήμων, ο βαθμός των ποιμένων δε φαίνεται να έχει μέλη. Όταν στα 1820 ο Αλέξανδρος Υψηλάντης ανέλαβε την ηγεσία της Εταιρείας, δημιούργησε άλλους δυο βαθμούς, των Αφιερωμένων και των Αρχηγών των Αφιερωμένων. Μέλη αυτών των βαθμών προορίζονταν να αποτελέσουν το στρατιωτικό τομέα της Εταιρείας.
Πάνω από όλους τους βαθμούς της Εταιρείας βρισκόταν η Ανωτάτη Αρχή, που αναφέρεται μόνο μια φορά στη Διδασκαλία. Μέλη της ήταν οι Μεγάλοι Ιερείς των Ελευσινίων. Ο όρκος τους δεν υπήρχε στη Διδασκαλία. Τα μέλη της Αρχής αρχικά αλληλογραφούσαν μεταξύ τους με συνθηματικά και κρατού σαν μυστική τη σύνθεσή τους από τους κατώτερους βαθμούς. Ο Σκουφάς έλεγε στους μυουμένους ότι την Αρχή αποτελού σαν διακεκριμένοι και φημισμένοι Έλληνες. Οι τρεις ιδρυτές της Φιλικής Εταιρείας, που ως το 1816 ήταν οι μόνοι Μεγάλοι Ιερείς των Ελευσινίων, δεν κατάφεραν ως τότε να προσελκύσουν περισσότερα από 20 μέλη. Το 1817 τα μέλη της Εταιρείας ήταν συνολικά τουλάχιστον 23 ήταν μικρέμποροι και υπάλληλοι και 6 μισθοφόροι εκτός υπηρεσίας. Οι συνεισφορές στα τρία πρώτα χρόνια ήταν συνολικά 302 φλορίνια (4.832 φράγκα).

«Ορκίζομαι ενώπιον του αληθινού Θεού, ότι θέλω είμαι επί ζωής μου πιστός εις την Εταιρείαν κατά πάντα. Να φανερώσω το παραμικρόν από τα σημεία και τους λόγους της, μήτε να σταθώ κατ΄ουδένα λόγον ή αφορμή του να καταλάβωσι άλλοι ποτέ, ότι γνωρίζω τι περί τούτων, μήτε εις συγγενείς μου, μήτε εις πνευματικόν ή φίλον μου.
Ορκίζομαι ότι εις το εξής δεν θέλω έμβει εις καμμίαν εταιρείαν, οποία και αν είναι, μήτε εις κανέναν δεσμόν υποχρεωτικόν. Και μάλιστα, οποιονδήποτε δεσμόν αν είχα, και τον πλέον αδιάφορον ως προς την Εταιρείαν, θέλω τον νομίζει ως ουδέν.
Ορκίζομαι ότι θέλω τρέφει εις την καρδίαν μου αδιάλλακτον μίσος εναντίον των τυράννων της πατρίδος μου, των οπαδών και των ομοφρόνων με τούτους, θέλω ενεργεί κατά πάντα τρόπον προς βλάβην και αυτόν τον παντελή όλεθρόν των, όταν η περίστασις το συγχωρήσει.
Ορκίζομαι να μη μεταχειριστώ ποτέ βίαν δια να αναγνωρισθώ με κανένα συνάδελφον, προσέχων εξ εναντίας με την μεγαλυτέραν επιμέλειαν να μην λανθασθώ κατά τούτο, γενόμενος αίτιος ακολούθου τινός συμβάντος, με κανένα συνάδελφον.
Ορκίζομαι να συντρέχω, όπου εύρω τινά συνάδελφον, με όλην την δύναμιν και την κατάστασίν μου. Να προσφέρω εις αυτόν σέβας και υπακοήν, αν είναι μεγαλύτερος εις τον βαθμόν και αν έτυχε πρότερον εχθρός μου, τόσον περισσότερον να τον αγαπώ και να τον συντρέχω, καθ΄όσον η έχθρα μου ήθελεν είναι μεγαλυτέρα.
Ορκίζομαι ότι καθώς εγώ παρεδέχθην εις Εταιρείαν, να δέχομαι παρομοίως άλλον αδελφόν, μεταχειριζόμενος πάντα τρόπον και όλην την κανονιζομένην άργητα, εωσού τον γνωρίσω Έλληνα αληθή, θερμόν υπερασπιστήν της πατρίδος, άνθρωπον ενάρετον και άξιον όχι μόνον να φυλάττη το μυστικόν, αλλά να κατηχήση και άλλον ορθού φρονήματος.
Ορκίζομαι να μην ωφελώμαι κατ΄ουδένα τρόπον από τα χρήματα της Εταιρείας, θεωρών αυτά ως ιερό πράγμα και ενέχυρον ανήκον εις όλον το Έθνος μου. Να προφυλάττωμαι παρομοίως και εις τα λαμβανόμενα εσφραγισμένα γράμματα.
Ορκίζομαι να μην ερωτώ κανένα των Φιλικών με περιέργειαν, δια να μάθω οποίος τον εδέχθη εις την Εταιρείαν. Κατά τούτο δε μήτε εγώ να φανερώσω, ή να δώσω αφορμήν εις τούτον να καταλάβη, ποίος με παρεδέχθη. Να αποκρίνομαι μάλιστα άγνοιαν, αν γνωρίζω το σημείον εις το εφοδιαστικόν τινός.
Ορκίζομαι να προσέχω πάντοτε εις την διαγωγήν μου, να είμαι ενάρετος. Να ευλαβώμαι την θρησκείαν μου, χωρίς να καταφρονώ τας ξένας. Να δίδω πάντοτε το καλόν παράδειγμα. Να συμβουλεύω και να συντρέχω τον ασθενή, τον δυστυχή και τον αδύνατον. Να σέβομαι την διοίκησιν, τα έθιμα, τα κριτήρια και τους διοικητάς του τόπου, εις τον οποίον διατριβώ.
Τέλος πάντων ορκίζομαι εις Σε, ω ιερά πλην τρισάθλια Πατρίς. Ορκίζομαι εις τας πολυχρονίους βασάνους Σου. Ορκίζομαι εις τα πικρά δάκρυα τα οποία τόσους αιώνας έχυσαν και χύνουν τα ταλαίπωρα τέκνα Σου, εις τα ίδια μου δάκρυα, χυνόμενα κατά ταύτην την στιγμήν, και εις την μέλλουσαν ελευθερίαν των ομογενών μου ότι αφιερώνομαι όλως εις Σε. Εις το εξής συ θέλεις είσαι η αιτία και ο σκοπός των διαλογισμών μου. Το όνομά σου ο οδηγός των πράξεών μου, και η ευτυχία Σου η ανταμοιβή των κόπων μου.
Η θεία δικαιοσύνη ας εξαντλήσει επάνω εις την κεφαλήν μου όλους τους κεραυνούς της, το όνομά μου να είναι εις αποστροφήν, και το υποκείμενόν μου το αντικείμενον της κατάρας και του αναθέματος των Ομογενών μου, αν ίσως λησμονήσω εις μίαν στιγμήν τας δυστυχίας των και δεν εκπληρώσω το χρέος μου. Τέλος ο θάνατός μου ας είναι η άφευκτος τιμωρία του αμαρτήματός μου, δια να μη λησμονώ την αγνότητα της Εταιρείας με την συμμετοχήν μου».

Τρία χρόνια μετά την ίδρυσή της η Φιλική Εταιρεία μετρούσε ελάχιστα μέλη στις τάξεις της. Με τη μεταφορά της έδρας της όμως στην Κωνσταντινούπολη εγκαινιάζεται μια περίοδος έντονης δραστηριοποίησης. Ήδη «από τις αρχές του 1817», όπως αναφέρει ο Βούλγαρος ιστορικός Νικολάι Τοντόρωφ, «στους στόχους της Εταιρείας αρχίζει να παίρνει βαρύνουσα σημασία η δημιουργία ευρύτερης συνεργασίας μεταξύ Σέρβων, Ελλήνων και Βουλγάρων, μέχρι του σημείου μάλιστα να γίνονται σχέδια για μια ταυτόχρονη εξέγερση στη Σερβία, την Ελλάδα και τη Βουλγαρία». Η Φιλική Εταιρεία επιδιώκει τη συνεργασία με τους υπόλοιπους Βαλκανικούς λαούς με στόχο μια συντονισμένη εξέγερση εναντίον της Οθωμανικής κυριαρχίας, και πρώτα απ’ όλους με τους Σέρβους.
Ο αρχηγός των Σέρβων επαναστατών Καραγεώργης Πέτροβιτς διέφυγε από την πατρίδα του μετά την ήττα του κινήματος το 1813 και εγκαταστάθηκε στη Βεσσαραβία. Την άνοιξη του 1817 ο Καραγεώργης πέρασε κρυφά, με τη βοήθεια της Φιλικής, στο σερβικό έδαφος με σκοπό να καταλάβει την εξουσία στη χώρα του και, σε περίπτωση που η Υψηλή Πύλη δεν τον αναγνώριζε, να αναλάβει την ηγεσία του επαναστατικού κινήματος που θα ξεσπούσε στην περιοχή σύμφωνα με τα σχέδια της Φιλικής για μια συντονισμένη εξέγερση στα Βαλκάνια. Στη Σερβία φιλοξενήθηκε στο σπίτι του φίλου του Βόιτζα Βουλίτσεβιτς, που ήταν «κνιέζ» (προύχοντας) της επαρχίας Σεμενδρίας.
Ο Βόιτζα όμως πρόδωσε τον Καραγεώργη, ο οποίος δολοφονήθηκε τη νύχτα της 12ης Ιουνίου 1817 στο σπίτι του Βουλίτσεβιτς από τους ανθρώπους του αντιπάλου του Μίλος Οβρένοβιτς, και το κεφάλι του εστάλη στην Πύλη. Με το θάνατο του Καραγεώργη ναυαγεί η προσπάθεια συνεννόησης μεταξύ της Φιλικής Εταιρείας και των Σέρβων για ταυτόχρονη κινητοποίηση εναντίον της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Η Εταιρεία προσπάθησε να προσεγγίσει τον Μίλος Οβρένοβιτς για την επίτευξη του σκοπού αυτού, αλλά δεν υπήρξε αποτέλεσμα λόγω των δισταγμών του τελευταίου. Μετά την ανάληψη της αρχηγίας από τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, οι προσπάθειες επικοινωνίας με τους Σέρβους γίνονται ακόμα πιο συστηματικές, ο Οβρένοβιτς όμως και πάλι τις αποκρούει.
Η Φιλική Εταιρεία έπρεπε πλέον να αναθεωρήσει τους στόχους της και να επαναπροσδιορίσει τις συμμαχίες της. Έτσι, αποφασίστηκε ο προσεταιρισμός οπλαρχηγών από τον ελλαδικό χώρο που είχαν συμμετάσχει σε διάφορες εξεγέρσεις και διέθεταν σχετική πείρα. Για τους τελευταίους μάλιστα καθιερώθηκαν και οι δύο τελευταίοι βαθμοί στην ιεραρχία: «αφιερωμένοι» και «αρχηγοί αφιερωμένων», ενώ χρησιμοποιήθηκαν για πρώτη φορά οι «απόστολοι», πληρεξούσιοι της Εταιρείας με σκοπό την προσέλκυση στους κόλπους της μελών σε απομακρυσμένες περιοχές.
Μείζονος σημασίας για την Εταιρεία, σε μια κρίσιμη καμπή της ιστορίας της, ήταν οι μυήσεις των τριών οπλαρχηγών από την Πελοπόννησο Παναγιώτη Παπαγεωργίου ή Αναγνωσταρά, Ηλία Χρυσοσπάθη και Παναγιώτη Δημητρόπουλου το 1817 στην Οδησσό. Οι τρεις αυτοί οπλαρχηγοί, καθώς και ο Ιωάννης Χατζή-Φαρμάκης, οπλαρχηγός από τη Μακεδονία, είναι οι πρώτοι στρατιωτικοί από την κυρίως Ελλάδα που θα ενταχθούν στη Φιλική και θα προκαλέσουν στροφή της Εταιρείας προς τον ετοιμοπόλεμο επαναστατικό κορμό του Ελλαδικού χώρου. Την ίδια περίοδο οι απόστολοι της Φιλικής επεκτείνουν το συνωμοτικό δίκτυο τόσο στον Ελληνικό χώρο όσο και στα Βαλκάνια, καθώς ποτέ δεν εγκαταλείφθηκε η ιδέα μιας Βαλκανικής εξέγερσης.
Απόστολος για τη Σερβία ορίστηκε ο Γεωργάκης Ολύμπιος και για τη Βουλγαρία ο Δημήτρης Βατικιώτης, αξιωματικός του Ρωσοτουρκικού πολέμου (1806 - 1812). Ο Βατικιώτης διοικούσε εθελοντικά τμήματα των Βουλγάρων που δρούσαν στον Δούναβη μαζί με τα Ρωσικά στρατεύματα και μύησε στη Φιλική Εταιρεία τους αρχηγούς των Βουλγαρικών αυτών σωμάτων. Ο πρόωρος θάνατός του όμως το 1819 δημιούργησε μεγάλες δυσκολίες στη συνεργασία των Βουλγάρων με τη Φιλική Εταιρεία.
Τον επόμενο χρόνο ο οπλαρχηγός Σάββας Καμηνάρης, ο οποίος διατηρούσε μόνιμες επαφές με τους Βούλγαρους, υπέβαλε στον Αλέξανδρο Υψηλάντη ένα σχέδιο το οποίο προέβλεπε επαναστατικές κινητοποιήσεις στη Σερβία και τη Βουλγαρία αλλά και των Ελλήνων στην Κωνσταντινούπολη. Το σχέδιο του Καμηνάρη και ο προσεταιρισμός των Βουλγάρων ποτέ δεν εφαρμόστηκαν στην πράξη, καθώς οι Φιλικοί ενδιαφέρονταν πρωτίστως για την εξέγερση των Σέρβων, απουσίαζε συντονισμός στις ενέργειές τους, ενώ σημαντική υπήρξε και η απόφαση στη γενική συνέλευση των επιφανέστερων μελών της Φιλικής Εταιρείας τον Οκτώβριο του 1820 στο Ισμαήλιο να καθοριστεί ως κέντρο της επανάστασης η Πελοπόννησος.
Στο μεταξύ, από το 1818 η έδρα της Φιλικής Εταιρείας έχει μεταφερθεί στην Κωνσταντινούπολη, όπου στους κόλπους της εισέρχεται ο μεγαλέμπορος Παναγιώτης Σέκερης, προσφέροντας σημαντική οικονομική ενίσχυση και λύνοντας προς στιγμήν ένα από τα πιο σοβαρά προβλήματα της Εταιρείας, δηλαδή την εξεύρεση πόρων. Ιδιαιτέρως σημαντική ήταν και η μύηση του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη στις 2 Αυγούστου 1818 στη Μάνη από τον έμπορο Κυριάκο Καμαρινό, καθώς και η δράση του αρχιμανδρίτη Γρηγορίου Δικαίου, ο οποίος αναγνωρίσθηκε από τον Παναγιώτη Αναγνωστόπουλο μέλος της Αρχής με τα αρχικά στοιχεία Α.Μ.
Η Φιλική Εταιρεία είχε πολύ μεγαλύτερο βαθμό διείσδυσης στην Πελοπόννησο και τα νησιά του Ιονίου, όπου μύησε μεγάλο αριθμό τοπικών προυχόντων, καθώς στις περιοχές αυτές υπήρχαν ιδιαίτερα ισχυρές κοινοτικές δομές, σχετικά ομοιογενείς εθνοτικά πληθυσμοί και μικρή παρουσία Μουσουλμάνων. Όπως αναφέρει ο G. Frangos στην ιστορική και κοινωνιολογική μελέτη του για τη Φιλική Εταιρεία, οι προεστοί της Πελοποννήσου και οι αριστοκράτες των Ιόνιων Νήσων ήταν σε θέση να επωφεληθούν από μια οργάνωση η οποία, όπως πίστευαν, θα τους βοηθούσε να επεκτείνουν ή να ανακτήσουν την παραδοσιακή εξουσία και τα προνόμιά τους.
Όσον αφορά την επαγγελματική σύνθεση των μελών της Εταιρείας, ο G. Frangos, στηριζόμενος σε στοιχεία που προέρχονται από την αλληλογραφία των Φιλικών, αναφέρει ότι έχουν καταγραφεί 23 κατηγορίες και υποκατηγορίες επαγγελμάτων. Η πλέον πολυπληθής κατηγορία ήταν των εμπόρων, η οποία αντιστοιχούσε στο 53,7% των μελών της Εταιρείας. Στη δεύτερη επαγγελματική κατηγορία εντάσσονταν εκείνοι των οποίων τα επαγγέλματα απαιτούσαν εκπαίδευση ανώτερη του μέσου όρου (γιατροί, δικηγόροι, δάσκαλοι, φοιτητές αλλά και Φαναριώτες). Η τρίτη επαγγελματική κατηγορία, που αποτελούσε το 11,7% της σύνθεσης των Φιλικών, ήταν προεστοί, κυρίως από την Πελοπόννησο. Κληρικοί όλων των βαθμίδων αποτελούσαν το 9,5% των εταιρικών.
Επίσης, οι στρατιωτικοί -κυρίως πρώην αρματολοί και κλέφτες- που είχαν υπηρετήσει ή υπηρετούσαν ακόμη σε ξένους στρατούς αποτελούσαν την πέμπτη κατηγορία και αντιστοιχούσαν στο 8,7%. Τέλος, οι αγρότες, που αποτελούσαν το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού των Ελληνόφωνων περιοχών, αντιστοιχούσαν μόλις στο 0,6% των μελών της Εταιρείας. Οι Έλληνες αγρότες, όπως γενικότερα και οι Βαλκάνιοι, προσκολλημένοι στην παραδοσιακή κοινωνία, έμεναν ακόμη μακριά από τις διαδικασίες εθνικής συγκρότησης, που επηρέασαν περισσότερο τις αστικές κοινότητες και τις κοινότητες της Διασποράς.


Στις 22 Σεπτεμβρίου 1819 τα μέλη της Αρχής της Εταιρείας υπέγραψαν κοινή συμφωνία με την οποία καθοριζόταν η μελλοντική πορεία και τα καθήκοντα της ηγετικής ομάδας, καθώς ήταν πλέον εμφανής η ανάγκη για την ύπαρξη μιας κεντρικής διοίκησης που θα εκπονούσε ένα συγκεκριμένο πρόγραμμα δράσης, ιδίως μετά το θάνατο του Σκουφά. Στην τελευταία παράγραφο του συμφωνητικού αυτού παρεχόταν η εξουσιοδότηση στον Εμμανουήλ Ξάνθο να φανερώσει την «Αρχή» στον Ιωάννη Καποδίστρια και να του προτείνει την ανάληψη της αρχηγίας της Εταιρείας. Παρά την εγκάρδια υποδοχή την οποία επιφύλαξε ο Καποδίστριας στον Ξάνθο, αρνήθηκε την ανάληψη της ηγεσίας της Εταιρείας.
Μετά την άρνηση του Ιωάννη Καποδίστρια, ο Ξάνθος αυτοβούλως επισκέφθηκε τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, γόνο της μεγάλης φαναριώτικης οικογένειας, και του πρότεινε να γίνει αρχηγός της Εταιρείας. Ο Υψηλάντης δέχθηκε χωρίς δισταγμό την αρχηγία και στις 12 Απριλίου 1820 συνυπέγραψε με τον Ιωάννη Μάνο και τον Ξάνθο έγγραφο με το οποίο οριζόταν Γενικός Επίτροπος της Αρχής. Με την υπογραφή του εγγράφου αυτού άνοιγε ένα νέο κεφάλαιο στην ιστορία της Φιλικής Εταιρείας, η οποία υπό την ηγεσία του νέου αρχηγού της βάδιζε προς την τελική επιδίωξη του σκοπού της, που ήταν η έκρηξη εθνικής επανάστασης και η συγκρότηση εθνικού κράτους.
Τον Φεβρουάριο του 1821 ο Αλέξανδρος Υψηλάντης κήρυξε την Επανάσταση στη Μολδαβία με την περίφημη προκήρυξή του «Μάχου υπέρ Πίστεως και Πατρίδος». Οι προκηρύξεις της Φιλικής Εταιρείας, που συντάχθηκαν από λογίους του Υψηλαντικού περιβάλλοντος, συνεισέφεραν σημαντικά στην αποκρυστάλλωση της Ελληνικής εθνικής ιδεολογίας, καθώς σε αυτές γίνεται συνεχής αναφορά σε όρους και έννοιες που αποτέλεσαν στοιχεία συγκρότησης της εθνικής ταυτότητας. Χρονικά η επανάσταση συνέπεσε με το κίνημα του Βλάχου οπλαρχηγού Θεόδωρου Βλαδιμηρέσκου, το οποίο είχε ξεσπάσει την ίδια εποχή στη Βλαχία.
Ο Υψηλάντης συνεργάσθηκε με τον Βλαδιμηρέσκου, στην πορεία όμως, και ενώ η επανάσταση έπαιρνε δραματική τροπή, ο Βλαδιμηρέσκου κατηγορήθηκε από τους Έλληνες ότι είχε αρχίσει τις συνεννοήσεις με τους Οθωμανούς και εκτελέστηκε από τους ανθρώπους του Υψηλάντη. Μετά την αποτυχία της επανάστασης στη Μολδοβλαχία η Φιλική Εταιρεία δυσφημήθηκε και το έργο της σε μεγάλο βαθμό απαξιώθηκε. Ο παραγκωνισμός του ηγετικού κύκλου της Φιλικής Εταιρείας από τους μηχανισμούς εξουσίας που συγκροτήθηκαν μετά την κήρυξη της Επανάστασης εντάσσεται στο πεδίο της έντονης αντιπαράθεσης μεταξύ των στρατιωτικών -Πελοποννήσιων προκρίτων και πολιτικών- Υδραίων, η οποία οδήγησε στην εμφύλια σύγκρουση του 1824.
Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης πέθανε μόνος και λησμονημένος σχεδόν απ’ όλους, λίγες ημέρες μετά την αποφυλάκισή του, ύστερα από χρόνια κράτηση στις φυλακές του Μούνκατς και του Τερέζιενστατ.
Μελανές σελίδες στην ιστορία της Φιλικής Εταιρείας αποτελούν η εκτέλεση του Νικολάου Γαλάτη και του Δημητρίου Κούτμα, του εμπόρου Κυριάκου Καμαρινού, ο οποίος ρίχτηκε στον Δούναβη από τους Φιλικούς το 1820 για να μην παραδώσει στον Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη επιστολή του Ιωάννη Καποδίστρια με την οποία γινόταν φανερό ότι ο τελευταίος δεν είχε σχέση με την Εταιρεία (γεγονός που θα δημιουργούσε μείωση του κύρους της Εταιρείας και αποχώρηση του Πετρόμπεη και άλλων οπλαρχηγών από αυτήν), καθώς και η απόπειρα αυτοκτονίας του Νικολάου Σπηλιάδη, ο οποίος, φοβούμενος ότι θα έχει την τύχη του Γαλάτη, αποπειράθηκε να αυτοκτονήσει στις 29 Ιανουαρίου 1821 αλλά σώθηκε ως εκ θαύματος.
Δεν έλειπαν επίσης και οι εσωτερικές διενέξεις, οι οποίες αποτέλεσαν παρακαταθήκη για τις πολιτικές εξελίξεις μετά το ξέσπασμα της Επανάστασης. Πιο συγκεκριμένα, ένα χρόνο πριν από την ανάληψη της ηγεσίας της Εταιρείας από τον Υψηλάντη, ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, συνοδεύοντας τον θείο του Ιωάννη Καρατζά, πρώην ηγεμόνα της Βλαχίας, ο οποίος είχε πέσει σε δυσμένεια από τον Σουλτάνο, έφτασε στην πόλη Πίζα της Ιταλίας. Εκεί φιλοξενήθηκε στο σπίτι του μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας Ιγνατίου. Τα περί κατηχήσεως του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου και του Κωνσταντίνου Καρατζά αναφέρονται σε επιστολή του Θεοδώρου Νέγρη από το Ιάσιο προς την Αρχή στις 12 Απριλίου 1819:
«Ο ποστέλνικος Μαυροκορδάτος και ο πρίγκηψ Κωνσταντίνος Καρατζάς κατηχηθέντες έλαβον τα εφοδιαστικά». Παρά τη μύησή του στην Εταιρεία, τόσο ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος όσο και ο μητροπολίτης Ουγγροβλαχίας Ιγνάτιος ήταν αντίθετοι στο χρόνο έναρξης της επανάστασης και άσκησαν κριτική στην προσωπικότητα και τη δράση του Αλέξανδρου Υψηλάντη. Η ομάδα Μαυροκορδάτου, Ιγνατίου, Θεοδώρου Νέγρη, που αποκλήθηκε «Κύκλος της Πίζας», αποτέλεσε καθ’ όλη τη διάρκεια του αγώνα το αντίπαλο δέος της Υψηλαντικής παράταξης.

Σύμφωνα με τη διαδεδομένη αντίληψη και όπως έχει αναφερθεί παραπάνω, η Φιλική Εταιρεία ιδρύθηκε στην Οδησσό το 1814 από τρεις εμπόρους, τον Νικόλαο Σκουφά, τον Αθανάσιο Τσακάλωφ και τον Εμμανουήλ Ξάνθο. Η νεότερη ιστορική έρευνα προσεγγίζει κριτικά τις πληροφορίες για τον χρόνο ίδρυσης της Εταιρείας ενώ καίριος ήταν ο ρόλος τουλάχιστον ενός ακόμη προσώπου, του Παναγιώτη Αναγνωστόπουλου. Γεγονός παραμένει ότι κανένας από τους «ιδρυτές» της δεν ήταν ιδιαίτερα πλούσιος ή ιδιαίτερα επιφανής, με τη στενή σημασία του όρου.
Στόχος της μυστικής αυτής εταιρείας ήταν η συνεργασία και η ανάληψη πρωτοβουλιών για την ανατροπή της Οθωμανικής κυριαρχίας και την απελευθέρωση των Ελλήνων και ευρύτερα των Χριστιανικών πληθυσμών της Αυτοκρατορίας, ιδιαίτερα στη Βαλκανική χερσόνησο. Οι πρωτεργάτες της βάσισαν το μοντέλο οργάνωσής της στις μυστικές οργανώσεις της εποχής. Λέσχες και εταιρείες με πνευματικό ή εκπαιδευτικό χαρακτήρα, στο πλαίσιο των οποίων καλλιεργούνταν οι εθνικές ιδέες των Ελλήνων, προϋπήρχαν. Η Φιλική Εταιρεία ωστόσο αποτελούσε μια μυστική, επαναστατική οργάνωση. Ο μυστικός χαρακτήρας της εξηγεί εν μέρει τον περιορισμένο και αμφίσημο χαρακτήρα των τεκμηρίων που άφησε πίσω της.
Η πρώτη φάση δραστηριοποίησης της Εταιρείας δεν φαίνεται να ήταν ιδιαίτερα επιτυχής. Η Εταιρεία διευθυνόταν από έναν κλειστό ηγετικό κύκλο. Αντίθετα με τη στερεοτυπική εικόνα της, αρχικά δεν στρατολόγησε πολλά νέα μέλη, δεν είχε μαζικές προσχωρήσεις, δεν εδραιώθηκε στα μεγάλα εμπορικά ή πνευματικά κέντρα του ελληνισμού. Οι δυσκολίες και η περιπλοκότητα φυσικά του εγχειρήματος δεν πρέπει να υποτιμώνται. Οι απολυταρχικές εξουσίες της εποχής αντιμετώπιζαν με πυγμή τις εξεγέρσεις. Επίσης, οι Οθωμανικές Αρχές πληροφορούνταν τις εξελίξεις ενώ ήταν εξαιρετικά καχύποπτες για τις κινήσεις των υπόδουλων πληθυσμών τους μέσα και έξω από την Αυτοκρατορία.
Η Εταιρεία δραστηριοποιήθηκε κυρίως στη Ρωσία και στις παραδουνάβιες ηγεμονίες και στελεχώθηκε στην αρχική της φάση από έναν μικρό σχετικά αριθμό εμπόρων. Στην ομάδα αυτήν δεν περιλαμβάνονται αποκλειστικά, όπως συχνά θεωρείται, πολύ ισχυροί και πλούσιοι επιχειρηματίες αλλά ακόμη και γραμματικοί ή υπάλληλοι εμπορικών οίκων. Τα μέλη της εταιρείας περνούσαν από διαδικασία μύησης, «δένονταν» με όρκο και λειτουργούσαν στο πλαίσιο μιας αυστηρής εσωτερικής ιεραρχίας. Η αιωρούμενη φήμη για την ύπαρξη μιας «Αόρατης Αρχής» που καθοδηγούσε την Εταιρεία παρέπεμπε φυσικά στη Ρωσία και καλλιεργούσε την απαραίτητη για τη διεύρυνσή της και την προώθηση των στόχων της πεποίθηση ότι μια μεγάλη δύναμη θα βρισκόταν στο πλευρό των κατακτημένων.
Οι στρατηγικές και οι προσανατολισμοί της Εταιρείας βαθμιαία άλλαξαν. Η Εταιρεία μετέφερε τη δραστηριότητά της στην Κωνσταντινούπολη και άρχισε να στρατολογεί μέλη μέσα στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Ο πρόωρος θάνατος του Σκουφά (1818) και στη συνέχεια και άλλων ιδρυτικών και επιτελικών στελεχών της οργάνωσης είχε το δικό του μερίδιο στον αναπροσανατολισμό της. Σταδιακά, αυξήθηκε ο αριθμός των μελών της, χωρίς όμως να χάσει τον χαρακτήρα της κλειστής, συνωμοτικής οργάνωσης. Οι τριβές και οι αντιπαραθέσεις μεταξύ των ηγετικών στελεχών της Εταιρείας, οι οποίες έφτασαν ως και τη φυσική εξόντωση αντιπάλων, μαρτυρούν τις διαφορετικές επιδιώξεις και τους ανταγωνισμούς που ανέκυψαν.
Παρά τις δυσκολίες και τους κλυδωνισμούς, η οργάνωση παρέμεινε σταθερή στη βασική της επιδίωξη. Ο χαρακτήρας όμως και η σύνθεσή της άλλαξαν σταδιακά. Εκτός από τη δραστηριοποίησή της στην Κωνσταντινούπολη, η Εταιρεία κινήθηκε επίσης και στρατολόγησε μέλη κυρίως στην Πελοπόννησο και στα νησιά του Ιονίου, σε περιοχές δηλαδή όπου συμπαγείς Χριστιανικοί πληθυσμοί και τοπικές ηγετικές ομάδες αποτελούσαν βασικές ομάδες στόχευσής της. Η προσχώρηση του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη αλλά και άλλων ισχυρών προεστών και κληρικών της Πελοποννήσου αποτυπώνουν μια νέα δυναμική. Οι σχεδιασμοί και οι επιδιώξεις τοπικών ηγετικών ομάδων γίνονται σταδιακά ευκρινέστερες στο εσωτερικό της Εταιρείας.
Παράλληλα, η αναζήτηση αρχηγού αποτέλεσε βασική μέριμνά της προκειμένου μεταξύ άλλων να διασφαλισθεί και η συμβολική λειτουργία της θεωρίας της «Αόρατης Αρχής». Οι επαφές με τον Κερκυραϊκής καταγωγής υφυπουργό του Τσάρου της Ρωσίας Ιωάννη Καποδίστρια απέβησαν άκαρπες. Έτσι, η Εταιρεία προσέγγισε τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, γόνο Φαναριώτικης οικογένειας και υπασπιστή του Τσάρου, ο οποίος δέχθηκε να αναλάβει την αρχηγία το 1820. Παρά τις αρχικές επιδιώξεις της Εταιρείας αλλά και τις προσπάθειες του ίδιου του Υψηλάντη, οι απόπειρες συνεργασίας με άλλους Χριστιανικούς λαούς και πληθυσμούς δεν καρποφόρησαν ενώ η εξέγερση στη Μολδοβλαχία απέτυχε.
Η επανάσταση τελικά ξεκίνησε και προχώρησε στην Πελοπόννησο. Παρά το γεγονός ότι τον προετοίμασε, η Φιλική Εταιρεία δεν διατήρησε κατ’ αποκλειστικότητα ηγεμονικό ρόλο στον Αγώνα. Ο Πόλεμος της Ανεξαρτησίας θα εξελισσόταν πιο ευνοϊκά στην Πελοπόννησο, μακριά από τα αρχικά κέντρα δραστηριοποίησης των Φιλικών και θα ακολουθούσε τον δρόμο του δημιουργώντας νέες πραγματικότητες και νέους πρωταγωνιστές. Ακόμη και αν δεν ανταποκρίνονται ακριβώς στους χρόνους και στις χρονολογίες της Ιστορίας, οι επέτειοι αποτελούν πάντα καλή ευκαιρία για να ξανασκεφτούμε αλλά και να διερευνήσουμε το παρελθόν.

To 1818 η έδρα της Φιλικής μεταφέρθηκε από την Οδησσό στην Κωνσταντινούπολη, δηλαδή στην καρδιά της Οθωμανικής εξουσίας, κάτι που πιστοποιούσε «την αυτοπεποίθηση των Φιλικών στις συνομωτικές οργανωτικές τους ικανότητες», ενώ ο θάνατος του Σκουφά ήταν σοβαρή απώλεια. Με αφορμή αυτό το γεγονός και με δεδομένη τη ραγδαία εξάπλωσή της, οι υπόλοιποι από τους ιδρυτές επιχείρησαν να βρουν μια μεγάλη προσωπικότητα να αναλάβει τα ηνία, θέλοντας να της προσδώσουν μεγαλύτερο κύρος και αίγλη. Στις αρχές του 1818 έγινε μια συνάντηση με τον Ιωάννη Καποδίστρια ο οποίος όχι μόνον αρνήθηκε, αλλά αργότερα έγραψε πως θεωρούσε ότι οι Φιλικοί ήταν υπαίτιοι για τον όλεθρο που προμηνυόταν στην Ελλάδα.
Τελικά, μετά από αρκετές επαφές, τον Απρίλιο του 1820 ανέλαβε την αρχηγία της Φιλικής Εταιρείας ο Αλέξανδρος Υψηλάντης. Οι συνθήκες έδειχναν πλέον αρκετά ώριμες για να εκδηλωθεί η εξέγερση και εκπονήθηκε ένα μεγαλόπνοο σχέδιο. Κατά την κρατούσα άποψη, το σχέδιο ήταν αρχικά να ξεσπάσει ταυτόχρονα επανάσταση των Σέρβων και των Μαυροβουνίων, καθώς και στη Μολδοβλαχία. Παράλληλα να κάψουν τον Τουρκικό στόλο στην Κωνσταντινούπολη, ενώ να ηγηθεί ο Υψηλάντης της επανάστασης στην Πελοπόννησο. Νεώτερη μελέτη δείχνει ότι ως αρχική εστία της Επανάστασης είχε επιλεγεί η Πελοπόννησος. Αυτό προκύπτει από τη μεγάλη συγκέντρωση «Αποστόλων» της Εταιρείας και μυήσεων σ’ αυτή την περιοχή.
Επιδιώχθηκε μάλιστα η δημιουργία ενός κύκλου μελών με ηγετικές θέσεις στην τοπική κοινωνία. Το 1820, μετά από αίτημα Πελοποννήσιων προεστών και ιεραρχών δημιουργήθηκε η Εφορία της Πελοποννήσου ή της Πάτρας, όπως συχνά αναφέρεται στις πηγές. Πιστεύεται ότι η σχετική πρόταση διατυπώθηκε από τον Παλαιών Πατρών Γερμανό στο κείμενο με τον τίτλο «Στοχασμοί των Πελοποννησίων περί του καλού συστήματος». Οι προτάσεις μεταφέρθηκαν από τον Ιωάννη Παπαρρηγόπουλο στον Αλέξανδρο Υψηλάντη στην Οδησσό. Αυτός όρισε τρεις κοτζαμπάσηδες και τρεις ιεράρχες ως εφόρους, με επικεφαλής τον Ιωάννη Βλασσόπουλο, πρόξενο της Ρωσίας στην Πάτρα.
Αυτή η προσπάθεια των Πελοποννησίων προεστών είχε ερμηνευτεί παλαιότερα ως αντίδραση απέναντι στην ανάπτυξη των επαναστατικών δικτύων στην Πελοπόννησο, και η αποδοχή του αιτήματος από τον Υψηλάντη ως αποτέλεσμα πολιτικού συμβιβασμού. Όμως η μελέτη των πηγών δείχνει ότι οι αρμοδιότητες της εφορίας Πελοποννήσου ήταν παρόμοιες με αυτές των άλλων εφοριών, ενώ και η εξουσία της Αρχής δεν αμφισβητήθηκε από τους Πελοποννησίους. Αντίθετα, από τις πηγές φαίνεται ότι οι τοπικές ηγεσίες της Πελοποννήσου κινήθηκαν προς την ενσωμάτωσή τους σε μοντέρνες πολιτικές και επαναστατικές δομές (όπως ήταν και η Φ. Εταιρεία), δίκτυα και σχέσεις εξουσίας.
Αυτό εξηγεί και το μεγάλο βαθμό νομιμοφροσύνης που έδειξαν οι κοτζαμπάσηδες και οι ιεράρχες της Πελοποννήσου προς τη Φ. Εταιρεία στους λίγους μήνες μέχρι την έναρξη της Επανάστασης. Αποδέχτηκαν τις αποφάσεις – εντολές της Εταιρείας για την έναρξη της Επανάστασης και τις υλοποίησαν. Η μυστική συνέλευση της Βοστίτσας (Ιανουάριος 1821) ήταν μια διευρυμένη σύσκεψη των μελών της εφορίας με τον απόστολο του Υψηλάντη, τον Γρηγόριο Δικαίο – Παπαφλέσσα. Ο κοινός ιστοριογραφικός τόπος ότι στη Βοστίτσα υπήρξε σύγκρουση απόψεων των κοτζαμπάσηδων και ιερέων με τον Δικαίο και ότι το ξέσπασμα της Επανάστασης έγινε περίπου τυχαία, δεν γίνεται αποδεκτό από σύγχρονους ιστορικούς.
Οι συντονισμένες ενέργειες υψηλού ρίσκου και συνωμοτικότητας (μετακινήσεις, συσκέψεις, συγκέντρωση χρημάτων και πολεμικού υλικού, πυκνή αλληλογραφία κτλ) και η ετοιμότητα που υπήρξε το τρίτο δεκαήμερο του Μαρτίου του 1821, δεν θα μπορούσαν να επιτευχθούν αν στη Βοστίτσα είχε απορριφθεί το επαναστατικό σχέδιο της Φ. Εταιρείας. Η διαδεδομένη ιστοριογραφική άποψη που θέλει τον Δικαίο απομονωμένο ή και καταδιωκόμενο από τους κοτζαμπάσηδες και αρχιερείς βασίζεται στην επιλεκτική χρήση κάποιων πηγών (π.χ. Φωτάκος, Φραντζής, Π.Π.Γερμανός) και την αποσιώπηση άλλων, όπως η αποστολή του Σπ. Χαραλάμπους προς τον Ιάκωβο Τομπάζη και τους Υδραίους Φιλικούς με τις αποφάσεις της συνέλευσης της Βοστίτσας.
Πιστεύεται δηλαδή ότι στη Βοστίτσα δεν υπήρξαν μόνο αντιρρήσεις αλλά έγινε και η αποδοχή του σχεδίου για μετάβαση του Υψηλάντη στη Μάνη και έναρξη της Επανάστασης. Για ανεξιχνίαστους λόγους και αφού κάποια από τα σχέδια της Εταιρείας είχαν ήδη προδοθεί ή διαρρεύσει, η επανάσταση κηρύχθηκε το Φεβρουάριο του 1821 στο Ιάσιο, πρωτεύουσα της Μολδαβίας. Στις 24 Φεβρουαρίου κυκλοφόρησε η περίφημη προκήρυξη του Υψηλάντη, «Μάχου υπέρ Πίστεως και Πατρίδος», στην οποία ανταποκρίθηκαν αρκετοί Έλληνες, μεταξύ των οποίων οι νέοι. Όμως η Ρωσία δεν ήλθε ως αναμενόμενος αρωγός, ενώ το Πατριαρχείο, κατόπιν πιέσεων της Πύλης, αφόρισε επισήμως στις 23 Μαρτίου τον Αλέξανδρο Υψηλάντη και τον Μιχαήλ Σούτσο, μαζί με όλους τους επαναστάτες:
«θέλοντες (οι επαναστάτες) να διαταράξωσιν την άνεσιν και ησυχίαν των ομογενών μας πιστών ραγιάδων της κραταιάς βασιλείας την οποίαν απολαμβάνουσιν υπό την αμφιαφή αυτής σκιά με τόσης ελευθερίας προνόμια, όσα δεν απολαμβάνει άλλο έθνος υποτελές και υποκείμενον να διακηρύξετε την απάτην των ειρημένων κακοποιών και κακοβούλων ανθρώπων και να τους αποδείξητε και να τους στηλιτεύετε πανταχού ως κοινούς λυμεώνας και ματαιόφρονας και παραδίδοντας και εκείνους τους απλουστέρους, όσοι ήθελον φορασθή, ότι ενεργούν ανοίκεια του ραγιαδικού χαρακτήρος».
Μπορεί η μάχη του Δραγατσανίου (Ιούνιος 1821) να οδήγησε στη σφαγή των νέων του Ιερού Λόχου και στη συντριβή του κινήματος στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες, αλλά απετέλεσε τον ιδανικό αντιπερισπασμό για να κηρυχθεί η Επανάσταση στην Ελλάδα.

Σκοπός της Φιλικής Εταιρείας είναι η γενική επανάσταση των Ελλήνων για την «ανέγερσιν και απελευθέρωσιν του Ελληνικού Έθνους και της Πατρίδoς μας», όπως μας πληροφορεί ο ίδιος ο Ξάνθος. Και σημειώνει στα «Aπομνημονεύματά» του: »Δια να ενεργήσωσι μόνοι των ό,τι ματαίως από πολλού χρόνου ήλπιζον από την φιλανθρωπίαν των Χριστιανών βασιλέων». Η πορεία ανάπτυξης της Φιλικής είναι εντυπωσιακή. Το διάστημα 1814 – 1816 τα μέλη της αριθμούν περίπου 20. Ως τα μέσα του 1817 αναπτύσσεται κυρίως μεταξύ των Ελλήνων της Ρωσίας και της Μολδοβλαχίας, αλλά και πάλι τα μέλη της δεν υπερβαίνουν τα 30. Όμως, από το 1818 σημειώνονται αθρόες μυήσεις.
Κατά το 1820 εξαπλώνεται σε όλες σχεδόν τις περιοχές της Ελλάδας και τις περισσότερες Ελληνικές παροικίες του εξωτερικού. Χιλιάδες υπολογίζονται οι μυημένοι, μολονότι είναι γνωστά μόνο 1096 ονόματα. Τους πρώτους μήνες του 1821 τα μέλη της αριθμούν δεκάδες χιλιάδες. Η οργάνωση είχε υπερβεί τα ίδια της τα όρια. Στις γραμμές της συσπειρώνονται κυρίως έμποροι και μικροαστοί, αλλά και Φαναριώτες και κοτζαμπάσηδες και κληρικοί, πρόσωπα που θα διαδραματίσουν αγωνιστικό ρόλο (θετικό ή αρνητικό) στον αγώνα για την ανεξαρτησία, όπως οι οπλαρχηγοί Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, Οδυσσέας Ανδρούτσος, Αναγνωσταράς, ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος (Παπαφλέσσας).
Οι Φαναριώτες Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και Νέγρης, οι μεγαλοκαραβοκύρηδες Κουντουριώτηδες, οι μεγαλοκoτζαμπάσηδες Ζαΐμης, Λόντος, Νοταράς, ο μητροπολίτης Παλαιών Πατρών Γερμανός κ.ά. H ανάληψη της ηγεσίας από τον Αλέξανδρο Υψηλάντη συνδέεται με τη διαμόρφωση σχεδίου για την έναρξη της Επανάστασης. Kατά τη διάρκεια του 1820 το σχέδιο τροποποιήθηκε αρκετές φορές σε μεγάλο βαθμό, γιατί η διεύρυνση της Εταιρείας και η στρατολόγηση εθελοντών είχε δημιουργήσει υποψίες για τη δράση της και είχαν πραγματοποιηθεί συλλήψεις ορισμένων μελών. Έτσι, στις αρχές του 1821 επισπεύτηκε η έναρξη της Επανάστασης, η οποία φαίνεται ότι προβλεπόταν να ξεκινήσει σχεδόν ταυτόχρονα σε τρεις διαφορετικές περιοχές: στις παραδουνάβιες ηγεμονίες, στο Μοριά και στην Κωνσταντινούπολη.
Στις αρχές Oκτωβρίου 1820 στην πόλη Iσμαήλιο της Ρωσικής επαρχίας της Bεσσαραβίας πραγματοποιήθηκε συγκέντρωση μελών της Εταιρείας ύστερα από πρωτοβουλία του Aλ. Υψηλάντη. Μεταξύ αυτών που συγκεντρώθηκαν με σκοπό τον καθορισμό της ημερομηνίας εκδήλωσης της επανάστασης και της συγκεκριμενοποίησης του σχεδίου ήταν και οι Εμμανουήλ Ξάνθος, Χρ. Περαιβός και Γρηγόριος Δικαίος (Παπαφλέσσας). Σε ό,τι αφορά το χρόνο εκδήλωσης της επανάστασης αποφασίστηκε ότι θα ξεσπούσε στα τέλη Νοεμβρίου με αρχές Δεκεμβρίου στην Πελοπόννησο, στην οποία θα μετέβαινε ο Aλ. Υψηλάντης με πλοίο από την Τεργέστη.
Λίγες μέρες νωρίτερα θα είχε εκδηλωθεί κίνημα και στη Μολδοβλαχία. Επρόκειτο για κίνηση αντιπερισπασμού που προβλεπόταν ωστόσο να ενισχυθεί από τη Ρωσία αλλά και από ταυτόχρονο επαναστατικό ξεσηκωμό των Σέρβων. Έτσι, η Επανάσταση στην Πελοπόννησο θα εκδηλωνόταν σε μια εποχή γενικότερου επαναστατικού ξεσηκωμού σε ολόκληρη την Οθωμανοκρατούμενη Βαλκανική χερσόνησο. Στο σχεδιασμό αυτό βοηθούσε και ο πόλεμος μεταξύ του Αλή-Πασά και των σουλτανικών στρατευμάτων, ενώ θετικό ενδεχόμενο θα ήταν η πρόκληση ενός ακόμη Ρωσο-Οθωμανικού πολέμου.
Ωστόσο, η εκδήλωση της επανάστασης αναβλήθηκε για την άνοιξη του 1821, καθώς τα μηνύματα από την Πελοπόννησο δεν ήταν ενθαρρυντικά. Kατόπιν αποφασίστηκε να ηγηθεί ο Aλ. Υψηλάντης του κινήματος στις παραδουνάβιες ηγεμονίες, από όπου θα διέσχιζε τη Βαλκανική χερσόνησο πολεμώντας και θα κατέληγε στην Πελοπόννησο. Προβλεπόταν ακόμη στάση των Ελληνικών πληρωμάτων στο ναύσταθμο της Κωνσταντινούπολης, πυρπόληση του Οθωμανικού στόλου και σύλληψη του σουλτάνου μέσα στο γενικότερο χάος που θα προκαλούνταν στην πρωτεύουσα της Αυτοκρατορίας.
Τελικά, στα μέσα Φεβρουαρίου αποφασίστηκε στο Κίσνοβο της Βεσσαραβίας να περάσει ο Υψηλάντης στη Μολδαβία και να κηρύξει την έναρξη της επανάστασης στις 27 Φεβρουαρίου 1821, ημέρα που συνέπιπτε με την Κυριακή της Ορθοδοξίας. Oι παράγοντες που οδήγησαν στην εκδήλωση της επανάστασης στις παραδουνάβιες ηγεμονίες είχαν να κάνουν σε μεγάλο βαθμό με το ειδικό καθεστώς που απολάμβαναν οι γειτονικές στη Ρωσία επαρχίες της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. H Μολδαβία και η Βλαχία διοικούνταν από Φαναριώτες που διορίζονταν από το Σουλτάνο και παρότι τυπικά οι περιοχές αυτές ανήκαν στην Αυτοκρατορία, Οθωμανικά στρατεύματα δεν μπορούσαν να εισχωρήσουν σ’ αυτές χωρίς τη σύμφωνη γνώμη της Ρωσίας.
Oι ολιγάριθμες φρουρές δεν ήταν ικανές να υπερασπιστούν την περιοχή, ενώ υπήρχε ελπίδα ότι η Ρωσία δε θα επέτρεπε την είσοδο Οθωμανικών στρατευμάτων. Επιπλέον, ηγεμόνας της Μολδαβίας ήταν ο Φιλικός Μιχαήλ Σούτσος που διατηρούσε δύναμη ενόπλων, ενώ επικεφαλής στρατιωτικών σωμάτων στη Βλαχία ήταν οι επίσης Φιλικοί Γεωργάκης Ολύμπιος και Γιάννης Φαρμάκης. Παρότι οι Ελληνικοί πληθυσμοί ήταν λιγοστοί, επικεντρωμένοι στις πόλεις και απασχολούμενοι σε διοικητικές θέσεις, ευελπιστούσαν ότι θα μπορούσαν να πάρουν με το μέρος τους τους ντόπιους πληθυσμούς.
Προς αυτή την κατεύθυνση θα λειτουργούσε και η συνεργασία με τον βλάχο επαναστάτη Βλαδιμιρέσκου,ο οποίος την εποχή εκείνη ηγούνταν ενός κινήματος φτωχών αγροτικών πληθυσμών. Kανείς από τους υπολογισμούς αυτούς δεν επιβεβαιώθηκε. Οι τοπικοί πληθυσμοί δεν είδαν φιλικά μια κίνηση στην οποία συμμετείχαν οι Φαναριώτες ηγεμόνες. H επιφυλακτικότητα του Βλαδιμιρέσκου, που διατηρούσε επαφή και με τους Οθωμανούς, οδήγησε τους Φιλικούς στη σύλληψη και στην εκτέλεσή του. Tέλος, οι βιαστικές προετοιμασίες και ο ελλιπής εξοπλισμός των σχετικά ολιγάριθμων Βαλκάνιων εθελοντών που αποτελούσαν το στρατό του Υψηλάντη δεν ήταν δυνατόν να ισοσταθμιστούν με τον όποιο ηρωισμό επιδείκνυαν στη διάρκεια των μαχών.
Tέλος, η απραξία των Φιλικών στην Κωνσταντινούπολη και ιδίως η καταδίκη του κινήματος του Υψηλάντη από το Ρώσο Αυτοκράτορα διέψευσαν και τις τελευταίες ελπίδες για μια θετική κατάληξη του κινήματος στις παραδουνάβιες ηγεμονίες.

Τρία χρόνια μετά την ίδρυση της Εταιρείας ο Τσακάλωφ άρχισε να αμφιβάλει για την όλη προσπάθεια. Πρότεινε στο Σκουφά ότι ίσως θα ήταν καλύτερα να ξεχάσουν τις υποχρεώσεις που είχαν αναλάβει προς το έθνος και να διαλύσουν την Εταιρεία. Ο Σκουφάς όμως επέμεινε να συνεχίσουν το έργο που ανέλαβαν, και έπεισε τον Τσακάλωφ να μεταφέρουν την έδρα της Εταιρείας στην Κωνσταντινούπολη. Συμφώνησαν και οι δυο να μην μυούν νέα μέλη, ώσπου να πεισθούν ότι το Έθνος ήταν διατεθειμένο να αγωνιστεί για την ελευθερία του, και ότι υπήρχαν τα οικονομικά μέσα για την επίτευξη του σκοπού αυτού.
Συνέταξαν τότε το πρώτο συγκεκριμένο σχέδιο δράσης από ίδρυσης της Εταιρείας, για τη διενέργεια έρευνας στην Πελοπόννησο, στη Στερεά Ελλάδα και στα νησιά του Αιγαίου, ώστε να διαπιστωθεί κατά πόσο οι κάτοικοί τους ήταν έτοιμοι να αναλάβουν επαναστατική πρωτοβουλία. Με βάση τα πορίσματα της έρευνας αυτής, θα επέλεγαν τον τόπο έναρξης της επανάστασης και, το σπουδαιότερο, θα οριζόταν ένας διακεκριμένος Έλληνας για να ηγηθεί στον αγώνα. Μόνο μετά την εκπλήρωση όλων αυτών θα αποφάσιζαν να μυήσουν νέα μέλη, υποστήριζε ο Τσακάλωφ.
Περίπου τότε, πριν μεταφερθεί δηλαδή η έδρα της Εταιρείας στην Κωνσταντινούπολη, ο Σκουφάς συνάντησε τρεις Μανιάτες οπλαρχηγούς, τον Ηλία Χρυσοσπάθη, τον Παναγιώτη Δημητρόπουλο και τον Παναγιώτη Παπαγεωργίου, γνωστό ως Αναγνωσταρά, που πήγαιναν εκ μέρους των συμπατριωτών τους να ζητήσουν από τη Ρωσική κυβέρνηση τα χρήματα που τους όφειλαν για τις υπηρεσίες τους στις Ρωσικές δυνάμεις που έδρευαν στα Επτάνησα το 1806. Ο Σκουφάς πίστευε ότι οι Μανιάτες οπλαρχηγοί ήταν τα ενδεδειγμένα πρόσωπα για την έρευνα που ήθελαν οι Φιλικοί. Ως τέταρτο απεσταλμένο επέλεξαν οι Φιλικοί το Μακεδόνα Ιωάννη Φαρμάκη.
Πριν φύγουν από την Πετρούπολη, οι τέσσερις απεσταλμένοι μυήθηκαν στην Εταιρεία και συμφώνησαν να συναντήσουν πάλι το Σκουφά στην Κωνσταντινούπολη, που θα τους έδινε οδηγίες για τις ενέργειές τους στην Ελλάδα. Ο Ξάνθος πίστευε ότι οι πράκτορες αυτοί υπέθεσαν ότι η Εταιρεία τελούσε υπό την αιγίδα της Ρωσίας και γι’ αυτό δε δίστασαν να ορκιστούν. Ο Σκουφάς έφθασε στην Κωνσταντινούπολη μαζί με δυο άλλους Φιλικούς τον Απρίλιο του 1818. Σύμφωνα με τον Ξάνθο τα χρήματά τους δεν έφθαναν ούτε για τις βιοτικές τους ανάγκες. Αλλά και ο Ξάνθος δεν ήταν σε καλύτερη θέση και το μόνο που μπορούσε ήταν να τους φιλοξενήσει στο σπίτι του. Λίγες βδομάδες μετά την άφιξη του Σκουφά στην Κωνσταντινούπολη οι τύχες της Εταιρείας βελτιώθηκαν.
Ο Σκουφάς επιδίωξε να συναντήσει και να ζητήσει τη βοήθεια του Παναγιώτη Σέκερη, αδερφού του Αθανασίου, με τον οποίο είχε ζήσει στην Οδησσό. Ο άλλος τους αδερφός ο Γεώργιος ήταν το πρώτο μυημένο μέλος της Εταιρείας. Ο Παναγιώτης ήταν ο μεγαλύτερος στην ηλικία και ο πιο πετυχημένος οικονομικά από τους αδερφούς Σέκερη. Τα ιδρυτικά μέλη της Εταιρείας κατόπιν σκέψης επέλεξαν τον Αναγνωστόπουλο, που είχε εν τω μεταξύ γίνει μέλος της Ανώτατης Αρχής, να έρθει σε επαφή με τον Π. Σέκερη. Αυτός φεύγοντας από την Οδησσό πήρε μαζί του συστατική επιστολή του Αθανασίου Σέκερη προς τον αδερφό του και οδηγίες να μην αποκαλύψει την ταυτότητα της Αρχής.
Ο Π. Σέκερης μετά τη συνάντησή του με τον Αναγνωστόπουλο έγινε μέλος της Εταιρείας και συνεισέφερε 10.000 γρόσια ποσό υπερδιπλάσιο από εκείνο που κατάφεραν οι Φιλικοί να μαζέψουν μέχρι τότε. Η μύηση του Π. Σέκερη σημαδεύει την αρχή της φάσης που δραστηριοποιείται η Εταιρεία και μυούνται νέα μέλη. Τώρα που τα οικονομικά βελτιώθηκαν, ο Σκουφάς, πιθανόν και ο Ξάνθος, ανυπομονούσαν για την αύξηση των μελών της Εταιρείας και την έναρξη των προετοιμασιών για τον αγώνα. Ο Σκουφάς επίσης αποφάσισε νέα μεταφορά της έδρας της Εταιρείας από την Κωνσταντινούπολη στην Πελοπόννησο, που τη θεωρούσε πιο κατάλληλη περιοχή για την έναρξη της επανάστασης.
Αναμφίβολα η μεγάλη απόσταση από την πρωτεύουσα της Αυτοκρατορίας, η αυτονομία της Μάνης και οι επανειλημμένες ένοπλες εξεγέρσεις εναντίον των Τούρκων στην περιοχή αυτή επηρέασαν την παραπάνω απόφαση. Πριν ξεκινήσει για την Πελοπόννησο ο Σκουφάς ασθένησε σοβαρά το Μάιο του 1818 και το ίδιο καλοκαίρι πέθανε. Ο Τσακάλωφ διέκρινε ένα θετικό στοιχείο στην ατυχία αυτή, τ’ ότι αποκλείονταν βιαστικές ή πρόωρες ενέργειες. Κατά την άποψή του, οι Έλληνες δεν ήταν ακόμη έτοιμοι να επιδοθούν σε αγώνα για την απελευθέρωσή τους. Ο Τσακάλωφ πίστευε ότι η Εταιρεία δεν είχε ούτε αρκετά χρήματα, ούτε όπλα, ούτε και μέλη ακόμα. Παρά την ασθένειά του, λίγο πριν πεθάνει ο Σκουφάς έκανε μεγάλο αγώνα για να αυξηθούν τα μέλη της Εταιρείας.
Τότε περίπου επέστρεψαν από τη Ρωσία οι Μανιάτες οπλαρχηγοί, που διέδιδαν τη φήμη την οποία άκουσαν στη Ρωσία, ότι ο Καποδίστριας ήταν ο μυστικός αρχηγός της Εταιρείας. Η φήμη αυτή τους έδωσε θάρρος να αναλάβουν ενεργό δράση. Ο καθένας τους ανέλαβε την αποστολή να σφυγμομετρή σει την ετοιμότητα και προθυμία των κατοίκων ορισμένων περιοχών να ξεσηκωθούν. Παράλληλα, με οδηγία του Σκουφά, μυούσαν στην Εταιρεία όλους τους Έλληνες που τους ενέπνεαν εμπιστοσύνη. Αυτοί λοιπόν ονομάστηκαν «απόστολοι» και το έργο τους περιγράφονταν ως «προσηλυτισμός».
Ο Αναγνωσταράς έμελλε να γίνει ο απόστολος της Εταιρείας στην Ύδρα, στις Σπέτσες και στη γενέτειρά του Πελοπόννησο, ο Φαρμάκης στη Μακεδονία και στη Θεσσαλία, ενώ ο Χρυσοσπάθης και ο Δημητρόπουλος στη Μάνη. Ο Σκουφάς πέθανε τον Ιούλιο του 1818, πριν συγκεντρώσει τα απαραίτητα χρήματα για την πρώτη επιχείρηση των «αποστόλων». Το ποσό των 10.000 γροσίων, προσφορά του Σέκερη, σχεδόν εξαντλήθηκε σε 3 μήνες. Ο Σκουφάς δεν ξαναζήτησε τη βοήθεια του Σέκερη, για να μη θεωρήσει αυτόν και τους συντρόφους του απατεώνες. Στράφηκε αλλού για βοήθεια.
Κατά τον Φιλήμονα, ο Φιλικός Δημήτριος Ύπατρος από το Μέτσοβο πρότεινε τότε στο Σκουφά να προσπαθήσουν να βρουν τη χημική σύσταση της «Λίθου των Φιλοσόφων», ώστε να αποκομίσει η Εταιρεία κέρδη από τη με τατροπή του χαλκού και του μολύβδου σε ευγενή μέταλλα. Ο Σκουφάς βρήκε την πρόταση ενδιαφέρουσα, αλλά πέθανε πριν ασχοληθεί μαζί της. Μετά το θάνατο του Σκουφά, ο Ξάνθος και ο Αναγνωστόπουλος έκριναν ότι για να κερδίσουν την εμπιστοσύνη και κάποια γενναία προσφορά του Σέκερη καλό θα ήταν να του αποκαλύψουν όλα τα σχετικά με την Αρχή. Αυτό το ανέλαβε ο Αναγνωστόπουλος, που είχε μυήσει το Σέκερη.
Ο Σέκερης όχι μόνο δέχθηκε με ψυχραιμία τα μυστικά που είχαν φοβηθεί αρχικά να του εμπιστευθούν, αλλά και ορκίστηκε ότι θα προσέφερε για τους σκοπούς της Εταιρείας την περιουσία και τη ζωή του. Έγινε μέλος της Αρχής και κατά το τέλος του 1818 εξασφάλισε στην οργάνωση τουλάχιστον 25.000 γρόσια. Ο καθένας από τους τέσσερις αποστόλους έλαβε ένα σημαντικό ποσό για να συνεχίσει το έργο του. Ύστερα από τέσσερα χρόνια περιορι σμένης δράσης, η Εταιρεία θα οργάνωνε τους Έλληνες που δεν είχαν φύγει ποτέ από τις πόλεις και τα χωριά τους και που σπάνια συναντούσαν πατριώτες τους από άλλα μέρη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Το καλοκαίρι του 1818 και άλλοι «απόστολοι» εξόρμησαν για να στρατολογήσουν νέα μέλη.
Αν και δραστηριοποιήθηκαν περισσότερο από ό,τι είχε φανταστεί ο Σκουφάς ένα χρόνο πριν, ακόμη δεν είχαν μυηθεί μέλη σε όλες τις παραδοσιακές Ελληνικές περιοχές. Ο Αρτινός Ασημάκης Κροκιδάς, πρώ ην εμπορικός συνεργάτης του Ξάνθου, ανέλαβε να προσηλυτίσει τους Έλληνες της υπηρεσίας του Αλή-Πασά. Ο εμποροϋπάλληλος Αντώνιος Πελοπίδας από τη Στεμνίτσα έδρασε στην Πελοπόννησο και ο Δημήτριος Ύπατρος στην Αλεξάνδρεια, στην πλούσια Ελληνική παροικία. Ο Γαβριήλ Κατακάζης θα αντιπροσώπευε την Εταιρεία στη Ρωσία, με την ελπίδα ότι αν και πολύ νέος (26 χρονών), ως γραμματέας που ήταν στη Ρωσική πρεσβεία στην Κωνσταντινούπολη θα κατάφερνε να πετύχει εκεί που ο Σκουφάς απέτυχε.
Ο επίσης Αρτινός Χριστόδουλος Λουριώτης έφυγε για την Ιταλία, αλλά πέθανε λίγο μετά την άφιξή του εκεί. Όλοι οι προηγούμενοι εκτός του Κατακάζη, ήταν απόδημοι μικρέμποροι ή στρατιωτικοί. Οι περισσότεροι δεν κατόρθωσαν να περατώσουν την αποστολή τους. Ως το Σεπτέμβριο του 1818 φάνηκε ότι ήταν απαραίτητη κάποια μορφή διοίκησης και ένα πιο συγκεκριμένο πρόγραμμα δράσης. Ο θάνατος του Σκουφά αφήνει ανοιχτό και το θέμα της αρχηγίας. Έτσι στις 22 Σεπτεμβρίου 1818 τα ηγετικά στελέχη της Εταιρείας υπέγραψαν μια συμφωνία που προσδιόριζε τις υποχρεώσεις και σχεδίαζε τη δράση τους. Αποφασίσθη κε επίσης να βρουν κατάλληλο αρχηγό, ένα πρόσωπο που θα συγκέντρωνε το σεβασμό όλων των Ελλήνων.
Ο Ξάνθος ανέλαβε να προτείνει στον Καποδίστρια την ανάληψη του αξιώματος. Συγχρόνως η Αρχή, που μετονομάσθηκε σε «Κινητική Αρχή», έγινε συλλογικό σώμα και τα μέλη της αποφασίσθηκε να ασχολούνται απο κλειστικά με τις υποθέσεις της Εταιρείας. Ωστόσο στον Αντώνιο Κομιζόπουλο και στον Αθανάσιο Σέκερη δόθηκε η άδεια των έξι μηνών που ζήτησαν για να φροντίσουν προσωπικές τους υποθέσεις. Στους υπόλοιπους δόθηκε άδεια τριών μηνών, ενώ στον Παναγιώτη Σέκερη, που η παρουσία του ως εμπόρου στην Κωνσταντινούπολη θεωρήθηκε χρήσιμη κάλυψη, δόθηκε η άδεια να συνεχίσει τις εμπορικές του επιχειρήσεις, από τις οποίες θα είχε οφέλη και η Εταιρεία.
Ως τις παραμονές της επανάστασης, η Εταιρεία προσέλκυσε μέλη από όλες σχεδόν τις σημαντικές περιοχές και κοινωνικές ομάδες του Ελληνισμού. Σύμφωνα με τον κατάλογο των μελών της οργάνωσης, που καλύπτει τμήμα μόνο της πραγματικής δύναμής της, το 53,7% (479) ήταν έμποροι. Ακολουθούσαν οι ελεύθεροι επαγγελματίες (δάσκαλοι, γιατροί, γραμματείς κ.α.) σε ποσοστό 13,1% (177). Τρίτοι ήταν οι πρόκριτοι των επαρχιών, κυρίως από την Πελοπόννησο, 11,7% (111), οι κληρικοί όλων των βαθμών 9,5% (85), στρατιωτικοί και μισθοφόροι, κυρίως παλιοί αρματολοί και κλέφτες, που υπηρετούσαν στο παρελθόν ή και ακόμα σε ξένους στρατούς 8,7% (78).
Τέλος, από την πιο πολυάριθμη τάξη της ηπειρωτικής Ελλάδας, τους αγρότες, μέλη ήταν μόλις το 0,6% (6). Παρά την ασήμαντη αυτή συμμετοχή των αγροτών, η ευρεία αντιπροσώπευση πολλών τάξεων στην Εταιρεία, ιδίως μετά το 1818, οδήγησε ορισμένους συγγραφείς στον ισχυρισμό ότι η Εταιρεία ήταν γνήσιος εθνικός συνασπισμός, στον οποίο εξαφανίζονταν ταξικά και τοπικά συμφέροντα για χάρη της πατρίδας. Τα μέλη και οι ιδρυτές της Εταιρείας δεν διέθεταν περιουσίες. Πολλοί πρόκριτοι της Πελοποννήσου, από την άλλη, έγιναν μέλη, γιατί πίστεψαν ότι έτσι εξασφάλιζαν έναν ξένο σύμμαχο (τη Ρωσία) που θα εγγυόταν για τα κεκτημένα τους προνόμια.
Οι προεστοί επίσης γίνονταν μέλη ως αρχηγοί ομάδων και όχι ως άτομα, χωρίς να εγκαταλείπουν τα προσωπικά τους συμφέροντα και χωρίς να ενστερνίζονται πραγματικά τους σκοπούς της Εταιρείας. Διέφεραν λοιπόν τα κίνητρα εγγραφής διαφόρων κοινωνικών ομάδων στην Εταιρεία, όπως διέφερε και ο ενθουσιασμός και η προσήλωση στους σκοπούς της. Τελικά τον Ιανουάριο και Φεβρουάριο του 1820 ο Ξάνθος συνάντησε στην Πετρούπολη δύο φορές τον Καποδίστρια, τον ενημέρωσε για την Εταιρεία και την κατάστασή της και προσπάθησε να τον πείσει να αναλάβει την αρχηγία της, αλλά εκείνος έκρινε ότι το συμφέρον του έθνους ήταν να μη δεχτεί.
Ο Ξάνθος στράφηκε τότε, ίσως και με υπόδειξη του Καπο δίστρια, προς άλλο επιφανή Έλληνα στην υπηρεσία της Ρωσίας, τον Αλέξανδρο Υψηλάντη. Αυτός, νέος 28 ετών τότε, δέχθηκε την πρόταση του Ξάνθου με ενθουσιασμό, αφού συμβουλεύτηκε πρώτα τον Καποδίστρια, κατά τα γραφόμενα του Φιλήμωνα. Εξήγησε όμως ότι από τη φύση των καθηκόντων του, κυρίως πολεμικών, έπρεπε να έχει πλήρη αρμοδιότητα στη λήψη των αποφάσεων. Ο Ξάνθος συμφώνησε και υπογράφτηκε σχετικό πρακτικό στις 12 Απριλίου 1820. Οι μυημένοι τώρα ανέρχονταν σε χιλιάδες, το «μυστικό» κυκλοφορούσε σ΄ όλο τον Ελλαδικό και Βαλκανικό χώρο και τις παροικίες.
Είχε φτάσει από ακριτομυθίες, πληροφοριοδότες ξένων μυστικών υπηρεσιών ή το φόβο ως τις Τουρκικές αρχές, ενώ νωρίτερα το είχαν πληροφορηθεί και οι Ρωσικές αρχές. Έγιναν προσπάθειες συνεννόησης και συνεργασίας με τους άλλους Βαλκανικούς λαούς, ώστε η εξέγερση να είναι καθολική. Οι οραματισμοί του Ρήγα για την κατάλυση της Οθωμανικής τυραννίας φάνηκε ότι άρχιζαν να πραγματοποιούνται. Για διάφορους όμως λόγους δεν ευοδώθηκαν τελικά αυτές οι προσπάθειες. Δημιούργησαν όμως τις προϋποθέσεις για την έναρξη του Ελληνικού Αγώνα από τη Βόρεια Βαλκανική και τη γένεση του Βαλκανικού φιλελληνισμού, που εκδηλώθηκε κατά τη διάρκεια της επανάστασης.
Η Αρχή ανέθεσε την αρχηγία στον Καποδίστρια, επιδιώκοντας να αποχτήσει η Εταιρεία ηγεσία ικανή και με κύρος, ώστε να διατηρήσει και να ενισχύσει την εντύπωση για Ρωσική υποστήριξη. Επίσης γύρευε να εμπλακεί η Ρωσία στην επιχείρησή τους και να προκληθεί τελικά Ρωσοτουρκικός πόλεμος, όπως γράφει ο Σπηλιάδης και επιβεβαιώνουν, ως ένα σημείο τουλάχιστον, ο Φωτάκος και ο Φιλήμων. Η Αρχή σκέφτηκε ότι, αντί να περιμένει να εκραγεί Ρωσοτουρκικός πόλεμος από άλλες αιτίες και έπειτα να κηρύξει την επανάσταση στην Ελλάδα, όπως σκέπτονταν πολλοί τότε, θα ήταν δυνατόν αντίστροφα να προκαλέσει Ρωσοτουρκικό πόλεμο με την κήρυξη της Ελληνικής επανάστασης και την ανάμιξη σ΄ αυτή του Καποδίστρια.
Ο Ξάνθος ζήτησε από τον Καποδίστρια όχι μόνο να συμμετάσχει στην Εταιρεία, να προετοιμάσει και να διευθύνει την επανάσταση, αλλά και να εξασφαλίσει μυστική βοήθεια από τη Ρωσία σε χρήματα και σε όπλα, κάτι που θα σήμαινε συνενοχή του ίδιου του Αυτοκράτορα Αλέξανδρου. Ως επιχείρημα για τη βοήθεια επικαλέσθηκε συμμαχική περίπου υποχρέωση της Ρωσίας απέναντι στους Έλληνες, επειδή στο παρελθόν είχαν εκτεθεί σε κινδύνους και είχαν υποστεί δεινά εξαιτίας της. Η Εταιρεία μυστικά υπολόγιζε και επεδίωκε να εμπλακεί και η Ρωσία στην Ελληνική επιχείρηση. Ο Καποδίστριας όμως συμβούλευσε προσωρινή αναστολή της δράσης της Εταιρείας.
Απ’ την άλλη μεριά υπολόγιζε ότι, αν αποδεχόταν την αρχηγία της επανάστασης, θα καταδίκαζε εκ των προτέρων σε αποτυχία τον Ελληνικό αγώνα, που θα εμφανιζόταν ως Ρωσική επιχείρηση και θα προκαλούσε έτσι αμέσως την εχθρότητα και αντίδραση των αντιζήλων της Ρωσίας Ευρωπαϊκών Δυνάμεων. Έτσι, θα αποκλειόταν ολωσδιόλου η Ρωσική επέμβαση υπέρ των Ελλήνων. Θεώρησε δε ότι επιβαλλόταν όσο ποτέ να διατηρήσει την υψηλή του θέση στη Ρωσική κυβέρνηση, ώστε από αυτή να υπηρετήσει το Έθνος που θα εισερχόταν σε αγώνα κρίσιμο για την ιστορική του ύπαρξη.
Με την ανάληψη της αρχηγίας από τον Υψηλάντη υπερνικήθηκαν οι τάσεις απειθαρχίας στις τάξεις της Εταιρείας, οι αμφιβολίες και η κρίση εμπιστοσύνης γύρω από την άγνωστη Αρχή και μυήθηκαν σημαντικοί Έλληνες που ως τότε την αγνοούσαν ή ήταν επιφυλακτικοί. Πολλοί από τα ανώτατα στελέχη της Εταιρείας φρονούσαν ότι υπήρχαν ευνοϊκές προϋποθέσεις για την επανάσταση, ενώ η αναβολή της ήταν επικίνδυνη. Μάλιστα ο Υψηλάντης ενθαρρύνθηκε από τον Καποδίστρια στη μυστική τους συνάντηση (Μάιο ή Ιούνιο του 1820). Άλλα ευνοϊκά στοιχεία ήταν ο πόλεμος του Σουλτάνου με τον Αλή-Πασά και η στάση της Ρωσίας που προκαλούσε την ελπίδα ότι θα πα ρείχε στους Έλληνες συνδρομή «εκ των ενόντων».
Έτσι ο Υψηλάντης επιδόθηκε σε συνεργασία με τον Ξάνθο και άλλους εμπίστους στην επίσπευση της ηθικής και υλικής προετοιμασίας του Αγώνα, και στη μελέτη και επεξεργασία της στρατηγικής που έπρεπε να ακολουθήθει. Για την ηθική προπαρασκευή έστειλε η Αρχή επιστολές προς τους νοημονέστερους και ενεργητικότερους Φιλικούς, αναγγέλλοντάς τους την ανάληψη της ηγεσίας της Εταιρείας από τον Υψηλάντη. Σε ορισμένους έγραψε και ο ίδιος. Χαρακτηριστικές είναι οι δυο επιστολές προς το Θεόδωρο Κολοκοτρώνη από τις 15 Ιουνίου 1820. Για την υλική προπαρασκευή αναδιοργανώθηκαν οι Εφορείες της Εταιρείας και δόθηκε η εντολή να κινηθούν όλοι δραστικότερα για τη συγκέντρωση χρημάτων.
Συστήθηκαν και άλλες επιτροπές με οικονομική αποκλειστικά αρμοδιότητα και εγκρίθηκε το καταστατικό εμπορικής, φαινομενικά, εταιρείας με τον τίτλο «Φιλόμουσος γραικική εμπορική Εταιρεία», για να εξασφαλιστούν μεγάλα χρηματικά ποσά. Σοβαρές ελπίδες υπήρχαν για υλική ενί-σχυση από την Κύπρο και την Αίγυπτο. Τα αποτελέσματα αυτών των προσπαθειών ήταν περιορισμένα για πολλούς λόγους και κυρίως γιατί ο χρόνος ως την έναρξη της επανάστασης ήταν λίγος. Στην ηθική κυρίως προπαρασκευή της επανάστασης συνέβαλε η μετάβαση του Υψηλάντη στη Μόσχα και σε άλλες πόλεις της νότιας Ρωσίας, για να γνωρίσει τα στελέχη της Εταιρείας και να συνεργα στεί μαζί τους, αλλά και για να βρίσκεται πιο κοντά στις περιοχές όπου θα διεξαγόταν η επανάσταση.
Στην περιοδεία του αυτή ο Υψηλάντης ασχολήθηκε με ποικίλα οργανωτικά θέματα και προπάντων με την κατάστρωση της στρατηγικής της επανάστασης. Μελέτησε διάφορα σχέδια που του υποβλήθηκαν και, κατόπιν επεξεργασίας, ενέκρινε το «Σχέδιον Γενικόν» που είχαν συντάξει ο Γεώργιος Λεβέντης και ο Γρηγόριος Δικαίος ή Παπαφλέσσας. Σύμφωνα με το αξιόλογο αυτό σχέδιο, που πήρε την τελική του μορφή τον Οκτώβριο του 1820 στο Ισμαήλιο, οι βασικοί στόχοι που έπρεπε να επιδιώξει η επανάσταση ήταν:
Η εξασφάλιση συμμάχων.
Η δημιουργία αντιπερισπασμού του εχθρού με συνακόλουθη κατάτμηση των δυνάμεών του.
Η δημιουργία αντιπερισπασμού του εχθρού με συνακόλουθη κατάτμηση των δυνάμεών του.
Η παραπλάνησή του ως προς τον κύριο αντίπαλο.
Η απόκρυψη των δυνάμεων και των προθέσεων του Έθνους.
Ο αιφνιδιασμός του εχθρού.
Για την πραγμάτωση των στόχων αυτών αποφασίστηκε ν’ ακολουθήσουν τα εξης στρατηγικά βήματα:
Εξέγερση των Σέρβων και Μαυροβουνίων, που ευκταίο ήταν να προηγηθεί.
Αποστασία της Μολδοβλαχίας με πρωτοβουλία των εκεί Ελλήνων στρατιωτικών αρχηγών Γεωργάκη Ολύμπιου και Σάββα Φωκιανού, ικανή να προκαλέσει ενδεχόμενα και Ρωσοτουρκικό πόλεμο.
Εμπρησμός του Τουρκικού στόλου στο ναύσταθμο της Κωνσταντινούπολης, που θα έπρεπε να γίνει πριν αρχίσει η επανάσταση και να εμφανιστεί ως τυχαίο συμβάν.
Υπολογιζόταν η Πελοπόννησος ως κέντρο της επανάστασης και προβλεπόταν η μετάβαση εκεί του Υψηλάντη μαζί με το Δικαίο για την έναρξη του Αγώνα στην Ελλάδα. Στην περιοδεία του αυτή στην Οδησσό συνάντησε ο Υψηλάντης και τον εκλεκτό Φιλικό Ιωάννη Παπαρρηγόπουλο, διερμηνέα στο Ρωσικό προξενείο των Πατρών. Του εμπιστεύτηκε ότι κατάλληλος χρόνος έναρξης της επανάστασης ήταν οι αρχές του 1821 και τόπος η Πελοπόννησος. Ο Παπαρρηγόπουλος παρατήρησε ότι η επανάσταση δεν έπρεπε να αρχίσει στην Πελοπόννησο, για να μην στραφούν προς τα εκεί ισχυρές δυνάμεις των Τούρκων και ο Σουλτάνος ίσως έδινε αμνηστία στον Αλή-Πασά, για να συμπράξει στην καταστολή της.
Αντίθετα, η επανάσταση έπρεπε να αρχίσει στη Μολδοβλαχία, οπότε θα έριχνε εκεί ο Σουλτάνος τις κύριες δυνάμεις του, πιστεύοντας ότι υπήρχε Ρωσική υποκίνηση. Θα ακολουθούσε Ρωσική επέμβαση κι έτσι θα στερεωνόταν η επανάσταση στην Πελοπόννησο και στην άλλη Ελλάδα, ενώ και ο Αλή-Πασάς θα συνέχιζε την ανταρσία, θεωρώντας επικείμενο ένα Ρωσοτουρκικό πόλεμο, όπως τον είχε παραπείσει ο ίδιος ο Παπαρρηγόπουλος. Παρόλα αυτά ο Υψηλάντης, αν και επηρεάστηκε από τα επιχειρήματα του Παπαρρηγόπουλου, δεν άλλαξε αμέσως απόφαση. O Υψηλάντης συγκαλεί σύσκεψη με λών της Εταιρείας στο Ισμαήλιο της Βεσσαραβίας και ο ίδιος έφτασε εκεί την 1η του Οκτώβρη του 1820.
Στις επόμενες μέρες συγκεντρώθηκαν συνολικά είκοσι περίπου Φιλικοί, μεταξύ τους δύο μέλη της Αρχής, ο Ξάνθος και ο Δικαίος. Συζήτησαν δυο κυρίως θέματα: αν έπρεπε να επισπευσθεί η επανάσταση και αν έπρεπε να κατεβεί ο ίδιος ο Υψηλάντης στην Πελοπόννησο για την έναρξή της. Τελικά αποφασίστηκε στις 7 Οκτωβρίου να γίνουν και τα δυο. Όμως στις 24 Οκτωβρίου ο Υψηλάντης αποφάσισε να ματαιώσει τη μετάβασή του στην Πελοπόννησο, να αρχίσει η επανάσταση από τον ίδιο στο Ιάσιο, και στο Βουκουρέστι από το Σάββα και τον Ολύμπιο στις 15 Νοεμβρίου, ενώ συγχρόνως θα άρχιζε ο αγώνας στην Κωνσταντινούπολη και σ΄ όλη την Ελλάδα, όπου θα επιχειρούσε να φτάσει ο Υψηλάντης, διασχίζοντας τη Βαλκανική.
Συνάμα ο Σέρβος αρχηγός Μιλλόση, που βρισκόταν σε τεταμένες σχέσεις με την οΟθωμανική κυβέρνηση, παρακινήθηκε να δραστηριοποιηθεί ταυτόχρονα. Η απόφαση όμως αυτή δεν πραγματοποιήθηκε. Στις 8 Νοεμβρίου συνέβη ένα ευνοϊκό για την Εταιρεία γεγονός, η μύηση του ηγεμόνα της Μολδαβίας Μιχαήλ Σούτσου. Ο Υψηλάντης διέθετε μεγάλο γόητρο στη Σερβία από τις υπηρεσίες προς αυτή του πατέρα του Κωνσταντίνου και πέτυχε να προωθήσει σύντομα τις συνεννοήσεις για Ελληνοσερβική συμμαχία. Το Φεβρουάριο του 1821 φτάνει η είδηση ότι προδόθηκε η Εται-ρεία από το Φιλικό Ασημάκη Θεοδώρου απ΄ ευθείας στην Οθωμανική κυβέρνηση. Όλοι τότε, και ο Μ. Σούτσος ζήτησαν από τον Υψηλάντη να εγκαταλείψει κάθε ιδέα αναβολής.
Στις 16 Φεβρουαρίου στο Κισνόβιο, πρωτεύουσα της Βεσσαραβίας πάρθηκε από τον Υψηλάντη η τελική απόφαση για κήρυξη της Ελληνικής επανάστασης. Κατά τις επόμενες μέρες πληροφορήθηκε ότι οι κινήσεις του έγιναν γνωστές στη Ρωσική κυβέρνηση, και κινδύνευε να συλληφθεί ή να τιμωρηθεί αν συνέχιζε να μένει σε Ρωσικό έδαφος, όπως αναφέρει ο Φιλήμων. Έτσι στις 21 το βράδυ αναχωρεί από το Κισνόβιο για να κηρύξει την επανάσταση στο Ιάσιο. Στις 24 Φεβρουαρίου ο Υψηλάντης κυκλοφόρησε την περίφημη προκή ρυξή του «ΜΑΧΟΥ ΥΠΕΡ ΠΙΣΤΕΩΣ ΚΑΙ ΠΑΤΡΙΔΟΣ» που καλούσε το έθνος σε απελευθερωτική επανάσταση.
Η προκήρυξη αυτή είχε συνταχθεί στο Κισνόβιο από το Γεώργιο Τυπάλδο-Κοζάκη με πιθανή συνεργασία του Υψηλάντη και άλλων λογίων του επιτελείου του και τυπώθηκε στο Ιάσιο. Η κυκλοφορία της σήμαινε την επίσημη κήρυξη της Ελληνικής επανάστασης. Η προκήρυξη αυτή -σε συσχετισμό με το κλίμα της Ιερής Συμμαχίας- προκάλεσε την αποκήρυξη του Υψηλάντη από τον Τσάρο και άρα διέψευσε την προσδοκία εξωτερικής βοήθειας. Αντίθετα μάλιστα, η Ρωσία έδωσε την άδεια να περάσει Τουρκικός στρατός το Δούναβη και να καταπνίξει το κίνημα του Υψηλάντη στο έδαφος των Παραδουνάβιων Ηγεμονιών όπου, σύμφωνα με προγενέστερη Ρωσοτουρκική συμφωνία, δεν μπορούσε να κινηθεί Τουρκικός στρατός, χωρίς την άδεια της Ρωσίας.
Επίσης ο πατριάρχης -υπό την πίεση της Πύλης- αφόρισε τον Υψηλάντη και το κίνημα. Από τον Ιανουάριο ωστόσο του 1821 είχε σταλεί στην Πελοπόννησο ο Παπαφλέσσας για να ξεσηκώσει τους προκρίτους και τους ιερείς. Τον Μάρτιο η Πελοπόννησος πήρε τα όπλα, και τον Ιούνιο έφθασε στην Ελλάδα ο Δημήτριος Υψηλάντης ως πληρεξούσιος του αδερφού του προκειμένου να αναλάβει την αρχηγία του Αγώνα, όμως γρήγορα παραμερίστηκε από τους ντόπιους προκρίτους και οπλαρχηγούς. Ήταν πλέον φανερό ότι το Γένος μπορούσε να διεξάγει τον Αγώνα του και χωρίς την καθοδήγηση της Εταιρείας.
Η Φιλική Εταιρεία κατόρθωσε να οργανώσει τους Έλληνες, να τους εμφυσήσει την ιδέα της εξέγερσης και τελικά να προετοιμάσει και να εκδηλώσει την επανάσταση του Ελληνικού Γένους, η οποία κατέληξε στη δημιουργία ενός ανεξάρτητου Ελληνικού κράτους. Με την ύπαρξη και τη δράση της αποδεικνύεται ότι πολλές φορές το φαινομενικά ουτοπικό και αδύνατο μπορεί να γίνει πραγματικότητα, γιατί η πραγματικότητα δεν αντιστρατεύεται πάντα το όραμα, μια και το όραμα μπορεί κάλλιστα να την υπερκεράσει.